R 尽管内存似乎可用，但无法分配内存

Question

运行多个模型后，我需要在我的 R 脚本上运行 system() 命令来关闭我的 EC2 实例，但是当我到达那一点时，我得到：

cannot popen 'ls', probable reason 'Cannot allocate memory'

注意：对于这个问题，我什至尝试了ls，但没有成功

我的脚本流程如下

• 加载模型（约 2GB）
• 挖掘文档并写入 MySQL 数据库

上述步骤重复大约 20 次，不同的模型平均大小为 2GB

• 终止实例

此时我需要调用system("sudo shutdown -h now")，但没有任何反应，但是当我尝试system("sudo shutdown -h now",intern=TRUE) 时出现分配错误。

在调用关机之前，我为所有对象尝试了rm()，但同样的错误仍然存​​在。

这是我系统上的一些数据，它是一个大型 EC2 Ubuntu 实例

R version 2.15.1 (2012-06-22)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=C                 LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] splines   stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[8] base     

other attached packages:
 [1] RTextTools_1.3.9   tau_0.0-15         glmnet_1.8         Matrix_1.0-6      
 [5] lattice_0.20-10    maxent_1.3.2       Rcpp_0.9.13        caTools_1.13      
 [9] bitops_1.0-4.1     ipred_0.8-13       prodlim_1.3.2      KernSmooth_2.23-8 
[13] survival_2.36-14   mlbench_2.1-1      MASS_7.3-21        rpart_3.1-54      
[17] e1071_1.6-1        class_7.3-4        tm_0.5-7.3         nnet_7.3-4        
[21] tree_1.0-31        randomForest_4.6-6 SparseM_0.96       RMySQL_0.9-3      
[25] ggplot2_0.9.1      DBI_0.2-5         

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] colorspace_1.1-2   dichromat_1.2-4    digest_0.5.2       grid_2.15.1       
 [5] labeling_0.2       memoise_0.1        munsell_0.3        plyr_1.7.1        
 [9] proto_0.3-9.2      RColorBrewer_1.0-5 reshape2_1.2.1     scales_0.2.1      
[13] slam_0.1-25        stringr_0.6.1    

gc() 返回

          used (Mb) gc trigger   (Mb)  max used   (Mb)
Ncells 1143171 61.1    5234604  279.6   5268036  281.4
Vcells 1055057  8.1  465891772 3554.5 767962930 5859.1

我注意到，如果我只运行 1 个模型而不是 20 个模型，它可以正常工作，所以可能是每次运行后内存都没有释放，尽管我做了 rm() 使用的对象

我还注意到，如果我关闭 R 并重新启动它，然后调用 system() 它可以工作。如果有办法在 R 中重新启动 R，那么也许我可以将其添加到我的 script.sh 流程中。

哪种方法适合清理我的所有对象并为每个循环释放内存，这样当我需要调用 system() 命令时不会出现内存问题？

任何正确方向的提示将不胜感激！ 谢谢

Answer 1

我只是发布这个，因为它太长了，不适合 cmets。由于您没有包含任何代码，因此很难提供建议。但是，这里有一些你可以考虑的代码。

wd <- getwd()
assign('.First', function(x) {
  require('plyr') #and whatever other packages you're using
  file.remove(".RData") #already been loaded
  rm(".Last", pos=.GlobalEnv) #otherwise won't be able to quit R without it restarting
  setwd(wd)
}, pos=.GlobalEnv)
assign(".Last", function() {
  system("R --no-site-file --no-init-file --quiet")
}, pos=.GlobalEnv)
save.image() #or only save the things you want to be reloaded.
q("no")

这个想法是你将你需要的东西保存在一个名为.RData的文件中。您创建了一个.Last 函数，该函数将在您退出 R 时运行。.Last 函数将启动 R 的新会话。您创建一个 .First 函数，该函数将在 R 重新启动后立即运行。 .First 函数将加载您需要的包并进行清理。

现在，你可以退出 R，它会重新加载你需要的东西。

（q("no") 表示不保存，但您已经在.RData 中保存了所需的所有内容，将在重启时加载）