【发布时间】：2014-02-09 22:13:57
【问题描述】：
我在 Windows 8 上使用 Eclipse 运行代码时遇到问题。下面的代码在 Linux 上的 Eclipse 中运行顺畅，但在 Windows 8 中运行不畅。
package first
import org.biojava.bio.structure.Atom
import org.biojava.bio.structure.Structure
import org.biojava.bio.structure.StructureTools
import org.biojava.bio.structure.align.StructureAlignment
import org.biojava.bio.structure.align.StructureAlignmentFactory
import org.biojava.bio.structure.align.fatcat.FatCatRigid
import org.biojava.bio.structure.align.fatcat.calc.FatCatParameters
import org.biojava.bio.structure.align.gui.StructureAlignmentDisplay
import org.biojava.bio.structure.align.model.AFPChain
import org.biojava.bio.structure.align.util.AtomCache
import org.biojava.bio.structure.gui.BiojavaJmol
import org.biojava.bio.structure.align.gui.jmol.StructureAlignmentJmol
object Alignment {
def main(args: Array[String]){
val name1 = "1YYO.A"
val name2 = "1YYW.A"
val cache = new AtomCache()
val algorithm = StructureAlignmentFactory.getAlgorithm(FatCatRigid.algorithmName)
val ca1: Array[Atom] = StructureTools.getAtomCAArray(cache.getStructure(name1))
val ca2: Array[Atom] = StructureTools.getAtomCAArray(cache.getStructure(name2))
val params: FatCatParameters = new FatCatParameters()
val afpchain: AFPChain = algorithm.align(ca1, ca2, params)
afpchain.setName1(name1)
afpchain.setName2(name2)
println(afpchain.toFatcat(ca1,ca2))
StructureAlignmentDisplay.display(afpchain, ca1, ca2)
}
}
基本上getStructure 方法尝试下载 PDB 文件但它失败并给出以下错误。
Problem while downloading PDB ID 1yyo from FTP server.
Failed URL: ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/structures/divided/pdb/yy/pdb1yyo.ent.gz
java.net.SocketException: Network is unreachable: connect
at java.net.TwoStacksPlainSocketImpl.socketConnect(Native Method)
at java.net.AbstractPlainSocketImpl.doConnect(AbstractPlainSocketImpl.java:339)
at java.net.AbstractPlainSocketImpl.connectToAddress(AbstractPlainSocketImpl.java:200)
at java.net.AbstractPlainSocketImpl.connect(AbstractPlainSocketImpl.java:182)
at java.net.PlainSocketImpl.connect(PlainSocketImpl.java:172)
at java.net.Socket.connect(Socket.java:579)
at java.net.Socket.connect(Socket.java:528)
at sun.net.ftp.impl.FtpClient.openPassiveDataConnection(FtpClient.java:671)
at sun.net.ftp.impl.FtpClient.openDataConnection(FtpClient.java:710)
at sun.net.ftp.impl.FtpClient.getFileStream(FtpClient.java:1284)
at sun.net.www.protocol.ftp.FtpURLConnection.getInputStream(FtpURLConnection.java:428)
at java.net.URL.openStream(URL.java:1037)
at org.biojava.bio.structure.io.util.FileDownloadUtils.downloadGzipCompressedFile(FileDownloadUtils.java:96)
at org.biojava.bio.structure.io.PDBFileReader.downloadPDB(PDBFileReader.java:677)
at org.biojava.bio.structure.io.PDBFileReader.downloadAndGetInputStream(PDBFileReader.java:795)
at org.biojava.bio.structure.io.PDBFileReader.getInputStream(PDBFileReader.java:433)
at org.biojava.bio.structure.io.PDBFileReader.getStructureById(PDBFileReader.java:875)
at org.biojava.bio.structure.align.util.AtomCache.loadStructureFromPdbByPdbId(AtomCache.java:1173)
at org.biojava.bio.structure.align.util.AtomCache.getStructure(AtomCache.java:501)
at first.Alignment$.main(Alignment.scala:24)
at first.Alignment.main(Alignment.scala)
problem loading:1YYO.A
我尝试重新安装和更新 JDK，关闭了我的防火墙，添加了-Djava.net.preferIPv4Stack=true，但我仍然无法解决问题。任何建议将不胜感激。非常感谢！
【问题讨论】：
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你能先检查一下你机器的dns吗？然后手动检查浏览器中的 url 是否可以访问？
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您是否尝试过使用您的程序以外的其他方式访问 URL ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/structures/divided/pdb/yy/…？ （例如浏览器）
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是的，我可以通过浏览器访问该 URL。
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它是我的病毒扫描程序，它不会关闭，它会在没有注意到我的情况下阻止 Eclipse，感谢所有答案。
标签： java eclipse scala biojava