【问题标题】:R Global assignment operator in a function - whats a better alternative?R函数中的全局赋值运算符 - 有什么更好的选择?
【发布时间】:2020-12-01 15:23:40
【问题描述】:

我在一个包中有一个函数(目前主要供我自己使用,将来可能会分享)。我正在尝试用 lapply 替换慢速 for 循环,以便以后可以并行化它。因此,我发现即使没有并行化也能更快的一种选择是使用全局赋值运算符。但是我对此感到焦虑,因为这似乎不受欢迎,而且我不习惯考虑环境,因此担心副作用:

这是一个简单的表示:



n <- 2
nx <- 40
v <- 5
d <- 3

array4d <- array(rep(0, n * nx * v * d) ,
                       dim = c(n, nx, v, d) )
array4d2 <- array4d

# Make some data to enter into the array - in real problem a function gens this data depending on input vars

set.seed(4)
dummy_output <- lapply(1:v, function(i) runif(n*nx*d))

microbenchmark::microbenchmark( {
    for(i in 1:v){
        array4d[ , , i, ] <- dummy_output[[i]]
    }
}, {
    lapply(1: v, function(i) {
        array4d2[ , , i, ] <<- dummy_output[[i]]
    })
})

Unit: microseconds
                                                                                     expr      min        lq
             {     for (i in 1:v) {         array4d[, , i, ] <- dummy_output[[i]]     } } 1183.504 1273.6205
 {     lapply(1:v, function(i) {         array4d2[, , i, ] <<- dummy_output[[i]]     }) }   13.257   16.1715
       mean    median       uq      max neval cld
 1488.26909 1411.4565 1515.762 3535.974   100   b
   33.56976   18.1445   21.150 1525.608   100  a 
> 
> identical(array4d, array4d2)
[1] TRUE

所有这些都将发生在其父级多次调用的函数中。

所以这(很多!)更快。 但我的问题是

  1. 这样做安全吗?
  2. 是否有不使用&lt;&lt;- 的类似快速替代方案?

【问题讨论】:

    标签: r variable-assignment assignment-operator


    【解决方案1】:

    将可变维度设为最后一个维度。 microbenchmark 表明它的性能与使用全局变量的性能没有统计学差异。如果重要的是维度是第三次使用aperm(x, c(1, 2, 4, 3))。

    microbenchmark::microbenchmark( 
        a = for(i in 1:v) array4d[ , , i, ] <- dummy_output[[i]],
        b = lapply(1: v, function(i) array4d2[ , , i, ] <<- dummy_output[[i]]),
        c = array(unlist(dummy_output), dim(array4d3))
    )
    

    【讨论】:

    • 因此,当您包含 aperm 时,&lt;&lt;- 仍然是最快的 - 在更大的维度上,它们都出来相同,因为在真实数据中调用的计算相对较慢 - 但是这个解决方案将使它真正很容易用future_lapply 替换lapply,所以我很高兴。谢谢!
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