Rscript 调用出错，但不是 R IDE

Question

我将一些数据从 SQLite 数据库提取到 R 中的数据框中。其中一个字段是日期字段，一旦拉入 R（使用 sqldf 包），它就会显示为字符字段：

dat$dt    : chr  "2014-10-07" "2014-10-07" "2014-10-07" "2014-10-07" ...

我需要将其转换回日期。 在 Rstudio 中将此列转换为日期可以正常工作，但当我将文件称为 Rscript 时则不行。

日期转换调用：

dat$as_date <- as.Date(dat$run_date)

Shell 调用 (Mac OSX)：

Rscript my_file.R 'my_thing'

来自 Rstudio 的电话：

system(paste("Rscript my_file.R, 'my_thing'"))

错误消息（与 Rstudio 中的 shell 或 Rscript 调用相同）：

Error in as.Date.numeric(dat$dt) : 
'origin' must be supplied
Calls: as.Date -> as.Date.numeric
Execution halted

我尝试提供具有相同结果的来源和格式：

dat$as_date <- as.Date(dat$dt, format = '%Y-%m-%d')
dat$as_date <- as.Date(dat$dt, origin="1970-01-01")

为什么 as.Date() 转换可以在 IDE 中工作，但不能作为 Rscript 调用，如何解决？

编辑：

到目前为止，感谢您的输入，以下是脚本的相关部分（整个内容约为 1000 行）。它从文件顶部开始，直到调用 as.Date() 停止执行失败：

我的文件.R：

#!/usr/bin/R
suppressMessages(require(sqldf))
suppressMessages(require(dplyr))
suppressMessages(require(reshape2))

args <- commandArgs(TRUE)
THING <- args[1]
sq <- dbConnect(SQLite(), dbname="db2.sqlite3")

dat <- dbGetQuery(conn = sq, sprintf('select * from db_table where db_thing=%s', paste(shQuote(THING),collapse=",")))

dat <- filter(dat, !grepl('exclude', comment))

dat$the_date <- as.Date(dat$dt)

我还编辑了 Rscript 调用，因为我确实包含了 args。

这是数据结构；我看不到任何因素。

 'data.frame':  128 obs. of  2 variables:
 $ dt: chr  "2014-10-07" "2014-10-07" "2014-10-07" "2014-10-07" ...
 $ comment : chr  "" "" "" "" ...

日期字段在 R 之外的行为确实符合预期（例如，使用 SQL 和 python）。

Answer 1

事实证明，我的一个 Rscript 调用中有一个空格（例如Rscript my thing），因此数据框中没有数据，因此出现as.Date() 错误。

我能够按如下方式模拟错误（原件是 Dirk 的道具）：

Rscript -e 'print(as.Date(0, format="%Y-%m-%d"))'

Error in as.Date.numeric(0, format = "%Y-%m-%d") : 
'origin' must be supplied
Calls: print -> as.Date -> as.Date.numeric
Execution halted

对于系统调用，我在Rscript调用中添加了shQuote()，解决了问题。

my_thing = 'something with spaces'

system(paste("Rscript my_file.R, shQuote(my_thing)"))

TLDR：错误出现在 Rscript 调用中，Dirk 将问题分解为最简单形式的建议非常棒。

Answer 2

一个典型的区别是Rscript 确实不加载（内置）方法包。 所以我的第一个建议是在脚本顶部添加library("methods")。

仔细观察，不是这样的：

edd@max:~$ Rscript -e 'print(as.Date("2014-01-07", format="%Y-%m-%d"))'     
[1] "2014-01-07"
edd@max:~$ 

此外，您有一个错误指示 as.Date.numeric，这表明您可能在一种情况下给出了因素，而不是在另一种情况下。鉴于我们没有你的剧本，很难说更多。