Deeptools 找不到存在的文件

Question

我的一个实习生正在尝试使用 deeptools 的 bamCoverage 函数，尽管文件在那里，但它会引发 '/my/dir/data.bam' file does not exist 错误。是的，该文件确实存在，我们可以使用 bash 命令来操作它，所以它没有真正的理由抛出该错误。

根据this thread，这可能是 pysam 或 python 的问题。两者都是最新的。你知道我可以如何进一步调查 pysam 或 python IO 的问题吗？

所有这些都发生在我们团队使用的服务器上。会不会是他的用户会话的 python 路径有问题？

作为参考，这是我在 bash 终端中运行的代码。这是非常基本的：

my.name@server:/mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BIGWIG$ bamCoverage -p 8 -b /mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BAM_sort/G0-G00.Inputs.sorted.bam -o /mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BIGWIG/G0-G00.Inputs.RPGC.bw --normalizeUsing RPGC --effectiveGenomeSize 2913022398 -bs 10
The file '/mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BAM_sort/G0-G00.Inputs.sorted.bam' does not exist  
my.name@server:/mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BIGWIG$ ll /mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BAM_sort/G0-G00.Inputs.sorted.bam
-rwxr-xr-x 1 my.name bioinfo 4171366400 juin  22 10:14 /mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BAM_sort/G0-G00.Inputs.sorted.bam

在过去的一年里，我大概用了 100 次这条线，但现在它找不到文件了。

我也尝试过使用 conda 在我的主目录中安装 deeptools，但这会产生相同的错误。

编辑：显然，这只是那个文件的问题。 bamCoverage 将适用于其他数据文件。如果 deeptools 会告诉您，而不仅仅是“找不到文件”，那就太好了...

Answer 1

看看这里正在运行什么代码会很有帮助 - 请， 尽可能提供minimal reproducible example，包括完整的输出/错误。

目前，对于常见问题，我能想到 4 种可能的解决方案：

• 如 cmets 中所述，提供 完整路径 可能是一种解决方案。您可以在文件所在的文件夹中使用pwd bash 命令获取完整路径，然后在字符串末尾添加文件名。
• 有时对相对（本地）路径有帮助的另一件事是以“.”开始路径，因此路径将类似于：'./my/dir/data.bam'。
• 我遇到的另一个问题（主要是在 Windows 环境中运行时）是必须使用反斜杠：'\my\dir\data.bam'
• 为了完整起见，我要提一下，尤其是对于初学者来说，通常会错误地提供不带逗号的路径（以使其成为字符串），但这里似乎并非如此。

希望这会有所帮助！