使用 pandas、python 3（但不是 2）读取 h5 文件时出现“已经 tz-aware”错误

Question

我有一个名为 weather.h5 的 h5 商店。我的默认 Python 环境是 3.5.2。当我尝试阅读这家商店时，我得到TypeError: Already tz-aware, use tz_convert to convert。

pd.read_hdf('weather.h5','weather_history') 和 pd.io.pytables.HDFStore('weather.h5')['weather_history] 我都试过了，但无论如何我都会收到错误消息。

我可以在 Python 2.7 环境中打开 h5。这是 Python 3 / pandas 中的错误吗？

Answer 1

我也有同样的问题。我正在使用 Anaconda Python：3.4.5 和 2.7.3。两者都使用 pandas 0.18.1。

这是一个可重现的例子：

generate.py（用 Python2 执行）：

import pandas as pd
from pandas import HDFStore

index = pd.DatetimeIndex(['2017-06-20 06:00:06.984630-05:00', '2017-06-20 06:03:01.042616-05:00'], dtype='datetime64[ns, CST6CDT]', freq=None)
p1 = [0, 1]
p2 = [0, 2]

# Saving any of these dataframes cause issues
df1 = pd.DataFrame({"p1":p1, "p2":p2}, index=index)
df2 = pd.DataFrame({"p1":p1, "p2":p2, "i":index})

store = HDFStore("./test_issue.h5")
store['df'] = df1
#store['df'] = df2
store.close()

read_issue.py：

import pandas as pd
from pandas import HDFStore

store = HDFStore("./test_issue.h5", mode="r")
df = store['/df']
store.close()

print(df)

在 Python2 中运行 read_issue.py 没有问题并产生以下输出：

p1  p2

2017-06-20 11:00:06.984630-05:00 0 0 2017-06-20 11:03:01.042616-05:00 1 2

但是在 Python3 中运行它会产生带有此回溯的错误：

Traceback（最近一次调用最后一次）： 文件“read_issue.py”，第 5 行，在 df = 商店['df'] getitem 中的文件“/home/denper/anaconda3/envs/py34/lib/python3.4/site-packages/pandas/io/pytables.py”，第 417 行 返回 self.get(key) 文件“/home/denper/anaconda3/envs/py34/lib/python3.4/site-packages/pandas/io/pytables.py”，第 634 行，在 get 返回 self._read_group(group) _read_group 中的文件“/home/denper/anaconda3/envs/py34/lib/python3.4/site-packages/pandas/io/pytables.py”，第 1272 行 返回 s.read(**kwargs) 文件“/home/denper/anaconda3/envs/py34/lib/python3.4/site-packages/pandas/io/pytables.py”，第 2779 行，已读 ax = self.read_index('axis%d' % i) 文件“/home/denper/anaconda3/envs/py34/lib/python3.4/site-packages/pandas/io/pytables.py”，第 2367 行，在 read_index _, index = self.read_index_node(getattr(self.group, key)) 文件“/home/denper/anaconda3/envs/py34/lib/python3.4/site-packages/pandas/io/pytables.py”，第 2492 行，在 read_index_node _unconvert_index(data, kind, encoding=self.encoding), **kwargs) new 中的文件“/home/denper/anaconda3/envs/py34/lib/python3.4/site-packages/pandas/indexes/base.py”，第 153 行 结果=日期时间索引（数据，复制=复制，名称=名称，**kwargs） 包装器中的文件“/home/denper/anaconda3/envs/py34/lib/python3.4/site-packages/pandas/util/decorators.py”，第 91 行 返回函数（*args，**kwargs） new 中的文件“/home/denper/anaconda3/envs/py34/lib/python3.4/site-packages/pandas/tseries/index.py”，第 321 行 raise TypeError("已经 tz-aware，使用 tz_convert " TypeError: 已经 tz-aware，使用 tz_convert 进行转换。 关闭剩余打开的文件：./test_issue.h5...done

因此，索引存在问题。但是，如果您将 df2 保存在 generate.py 中（日期时间作为列，而不是作为索引），则 read_issue.py 中的 Python3 会产生不同的错误：

Traceback（最近一次调用最后一次）： 文件“read_issue.py”，第 5 行，在 df = 商店['/df'] getitem 中的文件“/home/denper/anaconda3/envs/py34/lib/python3.4/site-packages/pandas/io/pytables.py”，第 417 行 返回 self.get(key) 文件“/home/denper/anaconda3/envs/py34/lib/python3.4/site-packages/pandas/io/pytables.py”，第 634 行，在 get 返回 self._read_group(group) _read_group 中的文件“/home/denper/anaconda3/envs/py34/lib/python3.4/site-packages/pandas/io/pytables.py”，第 1272 行 返回 s.read(**kwargs) 文件“/home/denper/anaconda3/envs/py34/lib/python3.4/site-packages/pandas/io/pytables.py”，第 2788 行，已读 放置=items.get_indexer(blk_items)) make_block 中的文件“/home/denper/anaconda3/envs/py34/lib/python3.4/site-packages/pandas/core/internals.py”，第 2518 行 返回 klass（值，ndim=ndim，fastpath=fastpath，placement=placement） init 中的文件“/home/denper/anaconda3/envs/py34/lib/python3.4/site-packages/pandas/core/internals.py”，第 90 行 len(self.mgr_locs))) ValueError：传递的项目数错误 2，位置暗示 1 关闭剩余打开的文件：./test_issue.h5...done

另外，如果您在 Python3 中执行 generate_issue.py（保存 df1 或 df2），那么在 Python3 或 Python2 中执行 read_issue.py 都没有问题