如何从第二个脚本中执行具有 argparse 的脚本

Question

我有一个名为 test1.py 的简单脚本。

#!/usr/bin/env python

from argparse import ArgumentParser


def cmdlineparse():
    parser = ArgumentParser()
    parser.add_argument("-tid", dest="CHEMBL_TARGET_ID", required=True, type=str)
    parser.add_argument("-molfile", dest="XTEST_MOLFILE", required=False, type=str)

    args=parser.parse_args()
    return args


if __name__ == '__main__':

    args = cmdlineparse()

    print("The given CHEMBL_TARGET_ID is %s" % args.CHEMBL_TARGET_ID)
    print("The given XTEST_MOLFILE is %s" % args.XTEST_MOLFILE)

通常，我是这样执行的./test1.py -tid CHEMBL8868 -molfile ligands.sdf。

我想做的是在名为test2.py 的第二个脚本中多次执行它。最简单的解决方案是使用subprocess.call 或等效的名称来调用它。

subprocess.call("./test1.py -tid CHEMBL8868 -molfile ligands.sdf".split(), shell=True, executable='/bin/bash')

但是，我想以更优雅的方式来做，即将它作为模块导入并将值传递给argparse。有人可以告诉我怎么做吗？

Answer 1

您需要稍微重构一下您的脚本：让cmdlineparse 获取要解析的参数列表，并定义一个函数main 来执行实际工作，而不是由__main__ 保护的裸块。

#!/usr/bin/env python

from argparse import ArgumentParser


def cmdlineparse(args):
    parser = ArgumentParser()
    parser.add_argument("-tid", dest="CHEMBL_TARGET_ID", required=True, type=str)
    parser.add_argument("-molfile", dest="XTEST_MOLFILE", required=False, type=str)

    args=parser.parse_args(args)
    return args

def main(args=None):
    args = cmdlineparse(args)
    print("The given CHEMBL_TARGET_ID is %s" % args.CHEMBL_TARGET_ID)
    print("The given XTEST_MOLFILE is %s" % args.XTEST_MOLFILE)


if __name__ == '__main__':
    main()

如果没有参数，main 将解析当前命令行参数，因为（最终）传递给 parser.parse_args() 的值 None 将导致它解析 sys.argv[1:]。

现在您可以随意导入test1 并显式调用main：

import test1

test1.main(["-tid", "CHEMBL8868", "-molfile", "ligands.sdf"])
test1.main(["-tid", "CHEMBL8293", "-molfile", "stuff.sdf"])
# etc