如何将多行从最低值排序到最高值？答案

【问题标题】：How to sort multiple rows from Lowest to Highest value?如何将多行从最低值排序到最高值？
【发布时间】：2019-10-10 04:44:32
【问题描述】：

我正在尝试获取超过 800 行的多个数据集，并将每一行从最低值到最高值进行排序。数据中的每一行用于一个基因/一组变体（染色体：position_reference/alternative，例如 22:42721284_C/T），以制表符分隔。每行的第一个元素是基因（例如gene1、gene2、gene3 等），该行的其余部分用于以22:42721284_C/T 形式编写的变体ID。每个基因有多少变体会有所不同。我拥有的文件现在是从最高位置到最低位置（42721284、42721258、42721203）排序的，但我想从最低位置到最高位置对文件进行排序。

我的文件：

Gene1 22:42721284_C/T 22:42721258_A/G 22:42721203_A/G …etc
Gene2 22:50483983_C/T 22:50483960_C/G 22:50483951_C/T …etc
Gene3 22:24429129_A/G 22:24428893_A/G 22:24428885_C/T …etc

我尝试了不同的黑色命令（例如 black -V），但我没有得到从最低到最高的输出。我更喜欢 awk（或 gawk）解决方案，但我对编码完全陌生，因此将不胜感激。

期望的输出：

Gene1 22:42721203_A/G 22:42721258_A/G 22:42721284_C/T …etc
Gene2 22:50483951_C/T 22:50483960_C/G 22:50483983_C/T …etc 
Gene3 22:24428885_C/T 22:24428893_A/G 22:24429129_A/G …etc

【问题讨论】：

标签： linux sorting awk

【解决方案1】：

xargs 文件运行中的每一行
sh -c一个shell脚本
first="$1"; shift 保存第一个参数以备后用
printf "%s\n" "$@" - 在单独的行上打印其余参数
sort - 按字母顺序排序
tr "\n" " " | sed "s/ $//" - 用空格替换换行符并删除尾随的换行符。
用 printf 打印输出

脚本：

cat <<EOF >file
Gene1 22:42721284_C/T 22:42721258_A/G 22:42721203_A/G
Gene2 22:50483983_C/T 22:50483960_C/G 22:50483951_C/T
Gene3 22:24429129_A/G 22:24428893_A/G 22:24428885_C/T
EOF

<file xargs -l -P1 sh -c '
    first=$1
    shift
    printf "%s %s\n" "$first" "$(
        printf "%s\n" "$@" |
        sort |
        tr "\n" " " | sed "s/ $//"
    )"
' -- >output

# the same using plain bash while read loop
if false; then
while IFS=' ' read -r first rest; do
    echo "$first" "$(
        <<<"$rest" tr ' ' '\n' |
        sort |
        tr "\n" " " | sed "s/ $//"
    )"
done <file >output
fi

cat <<EOF >expected
Gene1 22:42721203_A/G 22:42721258_A/G 22:42721284_C/T
Gene2 22:50483951_C/T 22:50483960_C/G 22:50483983_C/T
Gene3 22:24428885_C/T 22:24428893_A/G 22:24429129_A/G
EOF

diff output expected

【讨论】：

【解决方案2】：

使用 GNU awk 进行 asort()：

$ cat tst.awk
BEGIN { FS=OFS="\t" }
{
    printf "%s%s", $1, OFS
    sub("^[^"FS"]*"FS,"")
    split($0,vars)
    n = asort(vars)
    for (i=1; i<=n; i++) {
        printf "%s%s", vars[i], (i<n ? OFS : ORS)
    }
}

$ awk -f tst.awk file
Gene1   22:42721203_A/G 22:42721258_A/G 22:42721284_C/T …etc
Gene2   22:50483951_C/T 22:50483960_C/G 22:50483983_C/T …etc
Gene3   22:24428885_C/T 22:24428893_A/G 22:24429129_A/G …etc

【讨论】：

非常感谢！这正是我想要的。