pytables 安装失败答案

【问题标题】：pytables installation failedpytables 安装失败
【发布时间】：2014-03-03 16:44:35
【问题描述】：

我愿意：

sudo pip install --upgrade tables

我明白了：

    /usr/bin/ld: cannot find -lhdf5
collect2: ld returned 1 exit status
.. ERROR:: Could not find a local HDF5 installation.
   You may need to explicitly state where your local HDF5 headers and
   library can be found by setting the ``HDF5_DIR`` environment
   variable or by using the ``--hdf5`` command-line option.
Complete output from command python setup.py egg_info:
/usr/bin/ld: cannot find -lhdf5

然而：

$ echo $HDF5_DIR 
/opt/hdf5/
$ ls /opt/hdf5/
bin  include  lib  share
$ ls /opt/hdf5/lib/
libhdf5.a     libhdf5_hl.la  libhdf5_hl.so.8      libhdf5.la        libhdf5.so libhdf5.so.8.0.1
libhdf5_hl.a  libhdf5_hl.so  libhdf5_hl.so.8.0.1  libhdf5.settings  libhdf5.so.8

怎么了？如何调试？我已经尝试将 HDF5_DIR 设置为 /opt/ 或 /opt/hdf5/lib。

【问题讨论】：

标签： installation pip hdf5

【解决方案1】：

我在尝试在本地 virtualenv 中工作的 Debian sid 上也遇到了同样的错误。为了解决这个问题，我做了：

apt-get build-dep python-tables
HDF5_DIR=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial/ && pip install tables

...现在它正在工作。

【讨论】：

sudo apt-get build-dep python-tables 对我来说已经足够了！ (Ubuntu 14.04)
我所要做的就是sudo apt-get install hdf5-serial-dev，然后是pip install tables。
自 2014 年以来发生了很多变化，很高兴知道 -dev 包现在适用于开箱即用的 pytables :)
sudo apt-get install libhdf5-serial-dev 对我来说，在 2019 年基于 debian 的 docker 映像上
Ubuntu 16.04 上的 Python 3.6.9 需要安装 libhdf5-dev 后跟：HDF5_DIR=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial/ pip install tables

【解决方案2】：

我可以在 OSX 中使用以下代码在虚拟环境中轻松解决此问题：

    $ brew install hdf5
    $ pyvenv test
    $ workon myvenv # to get pytables working within the virtual environment myvenv
    $ pip install numpy numexpr cython
    $ pip install tables

（取自 https://github.com/PyTables/PyTables/issues/385 的 andreabedini 帖子）

【讨论】：

【解决方案3】：

我遇到了类似的问题，但我使用的是前沿而不是 pip 版本（请参阅旁注）。我也尝试指向图书馆本身

export HDF5_DIR=/usr/lib/libhdf5.so.6

但它不起作用。

另外：如果您认为您的错误最近可能已得到解决，您可以尝试 PyTables 的前沿：

sudo pip install git+https://github.com/PyTables/PyTables

.

在我安装了 hdf5 库的开发版本 (libhdf5-openmpi-dev) 后，构建（由 pip install... 引起）似乎更进一步。由于其他原因，构建仍然失败，但这是您可以尝试的另一个方向。

【讨论】：

HDF5_DIR 需要目录而不是文件，export HDF5_DIR=/local/johndoe/hdf5

【解决方案4】：

也许你可以从这里为你的 pytables 操作系统安装 stable wheel 文件： http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pytables

使用此命令检查要下载的文件 path/to/pythonX.Y -m pip debug --verbose

这个命令安装wheel文件 pip install C:/some-dir/some-file.whl

【讨论】：

【解决方案5】：

我尝试了一切，但没有成功。我能实现的唯一方法是使用我在这里得到的 nehalecky 的答案：

https://github.com/PyTables/PyTables/issues/219

简而言之，你应该执行这两条命令，当然要更正路径：

sudo python3 setup.py build_ext --inplace --hdf5=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial/
sudo python3 setup.py install --hdf5=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial/

希望对你有帮助！

【讨论】：