【问题标题】:Cannot install h5py无法安装 h5py
【发布时间】:2016-10-13 04:42:13
【问题描述】:

我正在尝试安装h5py,但是当我安装pip install h5py 或使用源代码中的python setup.py install 时,出现致命错误:

hdf5.h: No such file or directory.

其他帖子提到要使用pip install libhdf5-devpip install libhdf5-serial-dev 来解决此问题,但它说“找不到匹配的分布”。

如何安装 h5py?我使用 CentOS 6.5 版本的 Linux 连接到 Odyssey 计算机。另外,我没有 sudo 权限。谢谢!

【问题讨论】:

  • 欢迎堆栈溢出!就目前而言,这个问题很难回答。您需要在其中添加更多信息 - 例如您正在使用的操作系统。您可能会发现official installation instructions 很有帮助。您可能想看看如何编写一个[最小、完整和可验证的示例]{stackoverflow.com/help/mcve) 来帮助回答这个问题。祝你好运!
  • @JRichardSnape 谢谢你的建议!!

标签: python pip packages h5py


【解决方案1】:

您的错误是因为您缺少 hdf5.h 标头,pip 不会安装开发标头,您需要在 Centos 上使用包管理器安装它们应该是:

yum install hdf5-devel

如果你看安装说明:

Source installation on Linux and OS X

您需要,通过 apt-get、yum 或 Homebrew:

带有开发头文件的 Python 2.6、2.7、3.3 或 3.4(python-dev 或类似)

HDF5 1.8.4 或更新的共享库版本,带有开发头文件(libhdf5-dev 或类似)

NumPy 1.6.1 或更高版本

【讨论】:

  • 我没有sudo权限,还有其他命令可以安装吗?我通过 ssh 进入了一个虚拟机。
  • 我使用 LinuxHomeBrew 并做了:brew tap homebrew/science,然后 brew install hdf5,然后 pip install h5py 成功了!谢谢!
【解决方案2】:

此链接帮助: https://github.com/Homebrew/legacy-homebrew/issues/23144

我安装了 LinuxHomeBrew 并做到了:

brew tap homebrew/science
brew install hdf5
pip install h5py 

我能够安装 h5py!

【讨论】:

  • tap homebrew/science 已被弃用,仅供参考
【解决方案3】:
sudo apt-get update

sudo apt-get install python-h5py

(Source)

【讨论】:

  • 这是在 Raspbian 中安装 h5py 的最简单快捷的方法。
【解决方案4】:

另外,不是pip install libhdf5-devpip install libhdf5-serial-dev,而是apt install libhdf5-devapt install libhdf5-serial-dev。 然后,运行pip install h5py

【讨论】:

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