在容器中生成闪亮的进程时保留环境变量答案

【问题标题】：Preserve environment variables when spawning shiny processes within a container在容器中生成闪亮的进程时保留环境变量
【发布时间】：2018-12-07 09:59:39
【问题描述】：

我有一个正在运行的 Docker 容器，其中包含经过稍微修改的 rocker/shiny 映像的闪亮服务器。

默认的shiny-server.conf 文件将闪亮的用户设置为下面的用户

# Define the user we should use when spawning R Shiny processes
run_as shiny;

表示服务器默认以root身份运行，但闪亮应用的工作进程以用户身份运行shiny

应用程序本身使用通过 RODBC 初始化的与 SQL 服务器的数据仓库连接。虽然我们不想将整个连接详细信息字符串（包括 DB 主机和密码）放入代码库，但我们希望通过运行以下例程从创建容器的环境变量中读取它们

HOST <- Sys.getenv("host")
DB <- Sys.getenv("db")
UID <- Sys.getenv("uid")
PWD <- Sys.getenv("pwd")

conn<-paste0("driver={ODBC Driver 17 for SQL Server};server=",HOST,";database=",DB,";uid=",UID,";pwd=",PWD)
dbhandle<-odbcDriverConnect(conn)

问题是，当工作进程作为用户shiny 在容器中生成时，这些环境变量是空的。

如果我尝试在交互式 R 控制台中运行相同的代码（作为 root 或 shiny 用户），我将按预期获得环境变量。

任何意见将不胜感激。请注意，我不打算使用 docker secrets，因为我不是在 docker swarm 集群中运行应用程序，只是一个独立的 Rancher OS 主机。

编辑：虽然 .Renviron 文件可能是解决该特定问题的可行替代方案，但它需要将变量放入代码库中，我们在这里试图避免这种情况。

【问题讨论】：

也许你没有在容器启动中传递 ENV 或者没有定义需要 ENV 作为 ENTRYPOINT 或 CMD 的进程
我确实在docker run 上传递了正确解释的--env-file - 我在容器中的 bash 中运行 printenv 作为两个用户 shiny 和 root，让变量按预期返回给我。
How to pass environment variables to shinyapps的可能重复
您可以使用entrypoint 从当时的环境中读取必要的变量并将它们写入.Renviron。

标签： r docker shiny environment-variables shiny-server

【解决方案1】：

我在shiny-server.sh start 脚本中添加了以下内容，这是 docker 容器的 CMD，正如Ralf Stubner 所建议的那样

env > /home/shiny/.Renviron
chown shiny.shiny /home/shiny/.Renviron

【讨论】：