无法将所有内核与 mpirun 一起使用答案

【问题标题】：Unable to use all cores with mpirun无法将所有内核与 mpirun 一起使用
【发布时间】：2018-07-27 21:13:03
【问题描述】：

我正在我的桌面上测试一个简单的 MPI 程序（Ubuntu LTS 16.04/ Intel® Core™ i3-6100U CPU @ 2.30GHz × 4/ gcc 4.8.5 /OpenMPI 3.0.0）并且 mpirun 不会让我使用我机器上的所有内核 (4)。当我跑步时：

$ mpirun -n 4 ./test2

我收到以下错误：

--------------------------------------------------------------------------
There are not enough slots available in the system to satisfy the 4 slots
that were requested by the application:
  ./test2

Either request fewer slots for your application, or make more slots available
for use.
--------------------------------------------------------------------------

但如果我运行：

$ mpirun -n 2 ./test2

一切正常。

我从其他答案中看到我可以检查处理器的数量

cat /proc/cpuinfo | grep processor | wc -l

这告诉我我有 4 个处理器。我不对超额订阅感兴趣，我只想能够使用我所有的处理器。有人可以帮忙吗？

【问题讨论】：

你写了两次相同的mpirun 命令，你能解决这个问题吗？

标签： mpi openmpi hpc

【解决方案1】：

您的处理器有 4 个超线程，但只有 2 个内核（请参阅规格 here）。

默认情况下，Open MPI 每个核心不会运行多个 MPI 任务。您可以使用以下选项让 Open MPI 每个超线程最多运行一个 MPI 任务

mpirun --use-hwthread-cpus ...

FWIW

你提到的命令报告了超线程的数量。

找出机器拓扑的更好方法是通过hwloc 包中的lstopo 命令。

MPI 任务不绑定在 OS X 上的内核和线程上，因此如果您在 Mac 上运行，--oversubscribe -np 4 将导致相同的结果。

【讨论】：

【解决方案2】：

要解决您的问题，您可以使用mpirun 的--use-hwthread-cpus 命令行参数，正如Gilles Gouaillardet 已经指出的那样。在这种情况下，Open MPI 会将超线程提供的线程视为 Open MPI 处理器。否则，它会将 CPU 内核视为 Open MPI 处理器，这是默认行为。使用--use-hwthread-cpus 时，它会正确确定您可用的处理器总数，即Open MPI 主机文件中指定的所有主机上可用的所有处理器。因此，您不需要指定“-n”参数。另外，在使用--use-hwthread-cpus命令行参数时，Open MPI将超线程提供的线程称为“硬件线程”。使用这种技术，您不会超额订阅，并且如果某些 Open MPI 处理器将在虚拟机上运行，它将使用分配给该虚拟机的正确线程数。如果您的处理器每个内核有两个以上的线程，作为 Xeon Phi（Knights Mill、Knights Landing 等），它将每个内核的所有四个线程作为 Open MPI 处理器。

【讨论】：

【解决方案3】：

使用$ lscpu number of cores per socket * number of sockets 会给你物理核心的数量（你可以用于 mpi 的那些），而number of cores per socket * number of sockets * threads per core 会给你逻辑核心的数量（你通过使用命令获得的那个） $ cat /proc/cpuinfo | grep processor | wc -l)

【讨论】：