使用来自循环的所有旋转的数据创建一个 pdf答案

【问题标题】：create one pdf with data from all the rotations of a loop使用来自循环的所有旋转的数据创建一个 pdf
【发布时间】：2012-03-30 16:36:00
【问题描述】：

我有以下循环

for (chr in paste('chr',c(seq(1,22),'X','Y'),sep='')){
.
.
pdf(sprintf ('anna.%s.pdf',chr), paper='a4')
plot(exp,control,xlim=c(0,400),ylim=c(0,400),pch=20,col='black',main='Tiles',xlab='exp',ylab 'Control')
dev.off()

write.table(exp.sorted,file="list.txt",append = TRUE ,quote = FALSE,col.names =FALSE,row.names=TRUE,sep="\t")
}

使用当前代码，循环将为 anna 生成 24 个 pdf，每个 pdf 都将包含来自循环一次旋转的数据

我需要的是只有一个 anna.pdf 并在创建的图形中添加循环每次旋转的数据。不是要擦除循环每次旋转的先前数据，而只是将每个循环的数据添加到一个总图上，该图将包含循环所有旋转的数据。

当我创建表并有一个 list.txt 时，我对 append=TRUE 所做的几乎是什么，其中循环只是添加来自每次旋转的数据

提前谢谢你

最好的问候安娜

PS：

那么，如果我说以下可以吗？

for (chr in c(paste('chr',seq(1,22),sep=''),'chrX','chrY')){ 
anna1<-exp
anna2<-control
 .
.
.
.
pdf('anna.pdf', paper='a4')
for (chr in paste('chr',c(seq(1,22),'X','Y'),sep='')){
if(!PLOT){
  plot(exp,control,xlim=c(0,400),ylim=c(0,400),   
   pch=20,col='black',main='Tiles',xlab='exp',ylab 'Control')
   PLOT <- TRUE
} else {
   lines(names(control.table), log10(control.table), col="blue")
}
legend('topright', legend=c('ChIP', 'Control'), col=c('red','blue'), lwd=1)
}
dev.off()
.
.
.
pdf('anna.enriched.pdf',paper='a4')
for (chr in paste('chr',c(seq(1,22),'X','Y'),sep='')){
plot(exp.peaks,control.peaks,xlim=c(0,400),ylim=c(0,400),pch=20,col='black')
}
dev.off()


}

这两个 pdf 中哪一个是正确的？两个脚本都正确吗？

谢谢你

最好的问候安娜

【问题讨论】：

标签： r pdf for-loop

【解决方案1】：

您可以使用 points(...) 或 lines(...) 函数将数据添加到现有绘图中。因此，您必须在第一次迭代中创建绘图。

例如像这样的

PLOT <- FALSE
pdf('anna.pdf', paper='a4')
for (chr in paste('chr',c(seq(1,22),'X','Y'),sep='')){
    if(!PLOT){
      plot(exp,control,xlim=c(0,400),ylim=c(0,400),   
       pch=20,col='black',main='Tiles',xlab='exp',ylab 'Control')
       PLOT <- TRUE
    } else {
       points(exp,control, ...)
    }
}
dev.off()

【讨论】：