如何使用 R 在 pdf 中插入可点击链接答案

【问题标题】：How insert clickable link in pdf with R如何使用 R 在 pdf 中插入可点击链接
【发布时间】：2013-12-25 11:04:51
【问题描述】：

我使用pdf() 函数保存了使用 R 生成的图（见下文）。是否可以向该图添加可点击的超链接？欢迎使用pdf() 的替代品。

pdf(file="plot.pdf",width=20,height=50)
q <- ggplot(df, aes(x=reorder(desc,Value, FUN=median), y=Value))
q + geom_boxplot(aes(fill = factor(role)))+ coord_flip()
dev.off()

df$desc 看起来像这样：

[1] "http://www.jcvi.org/cgi-bin/tigrfams/HmmReportPage.cgi?acc=TIGR02914  #  EpsI_fam: EpsI family protein  # Role: 141"                                        
[2] "http://www.jcvi.org/cgi-bin/tigrfams/HmmReportPage.cgi?acc=TIGR03067  #  Planc_TIGR03067: Planctomycetes uncharacterized domain TIGR03067  # Role: 157"     
[3] "http://www.jcvi.org/cgi-bin/tigrfams/HmmReportPage.cgi?acc=TIGR03021  #  pilP_fam: type IV pilus biogenesis protein PilP  # Role: 91"

在 pdf 中，链接不可点击。

【问题讨论】：

您是否在任何地方看到任何表明这可能的文档？我可能会研究像 SVG 这样的图形格式，但我不确定你能在 R 中做多少。
不过会是一个不错的小功能请求。肯定有一个包可以做到这一点......（我不知道）。
Here 我为任意文本添加了高亮。添加Link 注释而不是Highlight 注释的最小更改（和更简单的代码）。
一种选择是使用乳胶来创建链接（使用乳胶包hyperref），但这会使整个图像成为一个链接。你也可以尝试（归档的）tikzDevice 包来做类似的事情。
供将来参考：stackoverflow.com/questions/4691780/… 向我指出了获取 tikzDevice 以从 R 生成 PDF 的方法，并且很容易将 \href{url}{text} 放入而不是工具提示文本。当我到达那里时会写一个正确的答案！

标签： r pdf pdf-generation

【解决方案1】：

您可以使用 Rsweave 做到这一点。 Rsweave 让您可以在 LaTeX 中调用 R。

所以使用我自己编造的数据的示例文件是：

\documentclass{article}
\usepackage{hyperref}

\begin{document}
\SweaveOpts{concordance=TRUE}


<<echo=FALSE,fig=TRUE>>=
    library(ggplot2)
    q <- ggplot() + geom_point(data=data.frame(x = c(1,2,3,4),y=c(4,3,2,1)), aes(x=x,y=y))
    print(q)
@
\par{
    \url{http://google.com}
}

\end{document}

你可以从 Rstudio 编译它。如果文件具有 .rnw 扩展名，它将知道该怎么做。如果你是从 R 编译，那么你可以使用 Sweave 命令。

【讨论】：