R Shiny如何显示在“downloadHandler”中生成的pdf文件

Question

我是 Shiny 的新手，想知道是否有办法显示在“downloadHandler”中生成的 pdf 文件？

我正在使用一个包做一些生物学分析，我可以让它在downloadHandler中创建一个pdf文件。但是，如果我可以查看此 pdf 而不是下载它，我仍然在苦苦挣扎。

此问题与Shiny to output a function that generates a pdf file itself 有关。 请参阅下面的代码，以了解适用于下载 pdf 输出的代码。非常感谢！

library(shiny)
library(msa)
runApp(list(
   #Load the exmaple from the msa package.
   mySequenceFile <- system.file("examples", "exampleAA.fasta", package="msa"),
   mySequences <- readAAStringSet(mySequenceFile),
   myFirstAlignment <- msa(mySequences),
   # A simple shiny app.
   # Is it possible to see the generated pdf file on screen?
   ui = fluidPage(downloadButton('downloadPDF')),
   server = function(input, output) {
       output$downloadPDF = downloadHandler(
       filename = 'myreport.pdf',
       content = function(file) {
            msaPrettyPrint(
                myFirstAlignment
              , file = 'myreport.pdf'
              , output="pdf"
              , showNames="left"
              , showLogo="top"
              , consensusColor="BlueRed"
              , logoColors="accessible area"
              , askForOverwrite=FALSE)
       file.rename("myreport.pdf", file) # move pdf to file for downloading
       },
       contentType = 'application/pdf'
     )
  }
))

Answer 1

如果您打算显示 pdf，则不应使用 downloadHandler。相反，只需使用您的 pdf 打印功能生成 pdf 文件，但关键是

1. 在 Shiny 项目根目录下创建一个 www 文件夹
2. 将msaPrettyPrint的文件参数指向www/myreport.pdf
3. 动态添加 iframe 以显示文件。请注意，在 iframe 中，您直接指向 myreport.pdf 而没有 www，因为 Shiny 会自动在 www 文件夹中查找静态/媒体文件。

请参阅下面的工作示例（注意我在这里没有使用 msa 包，但想法应该是相同的）。

library(shiny)

ui <- shinyUI(fluidPage(

   titlePanel("Old Faithful Geyser Data"),

   sidebarLayout(
      sidebarPanel(
        actionButton("generate", "Generate PDF")
      ),

      mainPanel(
         uiOutput("pdfview")
      )
   )
))

server <- shinyServer(function(input, output) {

  observeEvent(input$generate, {
    output$pdfview <- renderUI({
      pdf("www/myreport.pdf")
      hist(rnorm(100))
      dev.off()
      tags$iframe(style="height:600px; width:100%", src="myreport.pdf")
    })
  })
})

shinyApp(ui = ui, server = server)