错误消息：“Calloc”无法分配内存 [重复]答案

【问题标题】：Error message: 'Calloc' could not allocate memory [duplicate]错误消息：“Calloc”无法分配内存 [重复]
【发布时间】：2022-01-11 16:09:05
【问题描述】：

我正在尝试使用 read 读取 R 中的大型数据集（DNA 序列，13GB）。 Fastq 函数。一些数据集是开放的，但其他的不是（10GB）。此外，我需要生成的 12GB（或更多）的矩阵也没有被处理。我的计算机系统是 16GB，R 中的 memory.limit 是 36000。我该如何解决这个问题？ R中出现错误：

Error: Input/Output
  file(s):
    sar326-2021_R17_S6_R1_001.fastq
  message: 'Calloc' could not allocate memory (250000000 of 1 bytes)

【问题讨论】：

您似乎没有足够的物理 RAM。 read.Fastq 似乎返回某种稀疏对象？可能有些文件不够稀疏。
好的，谢谢！看来我没有足够的空间，尽管在我的电脑上：> sessionInfo() R 版本 4.1.1 (2021-08-10) 平台：x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) 运行在：Windows 10 x64 (构建 19042）

标签： r memory-management

【解决方案1】：

使用memory.limit()。您可以使用此命令增加默认值，memory.limit(size=2500)，其中大小以 MB 为单位。您需要使用 64 位才能真正利用这一点。

【讨论】：

您好，谢谢！是的，我已经设置了 memory.limit(size=36000)，但仍然不起作用，我也在使用 64 位版本的 R。 > memory.limit() [1] 16231 > memory.size() [1] 403.39
@Vani Maguire 一种解决方案可能是将查询简单地拆分成更小的块
我认为这是不可能的，因为不是常规数据帧而是来自测序平台的数百万读，所以我不应该拆分它！