在 group_by 中调用 cor 函数的“标准偏差为零”错误

Question

df <- data.frame(Tag = c(1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 2),
             x = c(9,7,3,2,1,1,1,1),
             y = c(1,2,3,4,1,2,3,4))

cor_fun<- function(x,y){
           val <- cor(x,y)
           return(val)}

df %>%
group_by(Tag) %>%
  summarise(c = cor_fun(x,y))

这里我们试图通过group_by(Tag)计算x和y之间的相关性。问题是当我们计算x和y的相关性时，任何一列的标准偏差为0的错误 the standard deviation is zero 这在生产中是不可接受的。所以我除了the standard deviation is zero 发生时，函数应该返回x 的平均值，否则应该返回相关输出。我已经尝试重现下面粘贴的相同场景，请指导我。 在函数名称cor_fun 中使用try-catch。

简要要求

1. 在Function里面，我们可以使用try-catch函数，寻找the standard deviation is zero这个错误，
2. 如果the standard deviation is zero 发生此错误，函数应返回x 的平均值。
3. 如果未找到错误，则返回cor(x,y) 输出。

预期没有错误消息，而是函数应该返回 x 值的平均值。

Answer 1

您可以预先计算标准偏差，如果检查失败，则返回 x 的平均值。

cor_fun<- function(x,y){

  if (any(sapply(list(x, y), FUN = sd) == 0)) {
    return(mean(x))
  } else {
    val <- cor(x,y)
    return(val)
  }
}

df %>%
  group_by(Tag) %>%
  summarise(c = cor_fun(x,y))

# A tibble: 2 x 2
    Tag      c
  <dbl>  <dbl>
1     1 -0.977
2     2  1 

如果你想走tryCatch路线，你可以这样做

cor_fun<- function(x,y){
  val <- tryCatch(cor(x, y), error = function(e) e, warning = function(w) w)
  if (any(class(val) %in% c("simpleWarning", "warning"))) {
    return(mean(x))
  } else {
    return(val)
  }
}

tryCatch 计算一个表达式，在您的情况下为 cor(x, y)。如果表达式返回错误或警告，它将将该错误存储在val 中并继续下一行。如果表达式按预期计算，它将存储在val 中，就像什么也没发生一样。当发生错误或警告时，val 的类会从预期的变化，例如numeric 到 simpleWarning 或 simpleError。我用它来捕捉表达式的评估是否失败并处理它。这种处理也可以在function(e) e 调用中完成。

下面是处理 tryCatch 调用中的警告。

cor_fun<- function(x,y){
  val <- tryCatch(cor(x, y), 
                  error = function(e) e,
                  warning = function(w) {
                    # in case there is a warning (for whatever reason)
                    # return mean of x
                    return(mean(x))
                  })
  val
}

您可以在?tryCatch 文档或例如here.