拟合陡峭的剂量反应曲线答案

【问题标题】：Fitting steep dose response curves拟合陡峭的剂量反应曲线
【发布时间】：2017-11-24 20:09:55
【问题描述】：

您好，我正在尝试在 R 的 drc 包中拟合一条相当陡峭的剂量反应曲线。 Moles 是我的 x 函数， pct_control 是我的 y 函数。我尝试将它拟合到 Log-logistic 3 参数函数上，结果非常糟糕。我尝试了其他模型拟合，我能得到的最接近的拟合是逻辑（5 个参数）。有人对模型拟合有任何其他想法吗？

 dm2005.test1<-drm(pct_control~moles, data=DONMON,fct=LL.3())

优化错误(startVec, opfct, hessian = TRUE, method = optMethod, control = list(maxit = maxIt, : 非有限差分值 [3] drmOpt(opfct, opdfct1, startVecSc, optMethod, 受约束，warnVal，：收敛失败

moles   pct_control
0.00344408  7.124090958
0.00344408  8.491257546
0.00344408  7.091147185
0.00344408  5.625149276
0.00344408  10.12197432
0.00344408  7.955921231
0.00344408  7.3794052
0.00344408  9.463098856
0.00344408  3.747354203
0.00344408  4.61212825
0.00344408  5.180408338
0.013748484 6.061654272
0.013748484 9.784300645
0.013748484 9.430155083
0.013748484 5.394542864
0.013748484 7.824146139
0.013748484 7.947685288
0.013748484 5.691036823
0.013748484 8.079460381
0.034387728 1.523649511
0.034387728 2.001334223
0.034387728 2.264884409
0.034387728 2.388423558
0.034387728 2.124873372
0.034387728 1.573065171
0.034387728 1.99309828
0.034387728 0.831830274

【问题讨论】：

标签： r drc

【解决方案1】：

我尝试使用您的 drm 代码来拟合提供的数据，但没有得到您获得的错误。我能够绘制结果，并在下面包含该图像。我认为您遇到的困难可能是由于“痣”点的数量较少——您有 3 个。根据我的经验，如果您想拟合一条合理的曲线，您将需要大约 5 个跨越下渐近线的点，即上渐近线和过渡区域。这样做的原因是，在如此小的覆盖范围内，有很多方法可以拟合曲线。例如，给定数据，不清楚 7“pct_control”处的平台是否代表下渐近线（例如，全剂量响应将跨越 100% 到 7%），或者它是否是上渐近线（例如全剂量响应将跨越 7% 到 0%）——或一些中间结果。

【讨论】：