在 R getGEO 上捕获异常答案

【问题标题】：catching an exception on R getGEO在 R getGEO 上捕获异常
【发布时间】：2012-12-18 06:56:47
【问题描述】：

我正在使用 R 和 GEOQuery 包来下载一组 GEO 配置文件。为此，我使用以下说明：

library(Biobase)
library(GEOquery)
gdsAcc<-getGEO('GDS1245',destdir=".")

下载指定目录中的 GDS1245.soft.gz。

问题是一些 GEO 配置文件已被删除，所以当我在循环中使用上述指令时，我得到了类似的东西：

gdsAcc<-getGEO('GDS450',destdir=".")

在最后一种情况下，配置文件 GDS450 不存在，因此它会引发错误并且程序停止。我想知道如何捕获该错误，以便在配置文件不存在的情况下程序将继续寻找其他配置文件。

我的算法是这样的：

for (i in 1:length_GEO_profiles){
    disease<-GEOname
    gdsName<-paste("GDS",disease,sep="")
    gdsAcc<-getGEO(gdsName,destdir=".")
}

有什么帮助吗？

谢谢

【问题讨论】：

【解决方案1】：

您应该查看try 和tryCatch。下面是一个帮助您入门的示例：

for(i in 1:3) { 
  if(i == 1)
    gdsAcc <- try(getGEO('GDS450',destdir="."))
  cat(i, "\n")
}

如果您想对错误进行处理，请使用if 语句：

if(class(gdsAcc) == "try-error") cat("HELP")

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【讨论】：