用于R中数据框列表的自定义函数的哪些参数

Question

所以我一直在编写一个自动执行一些数据分析的脚本，而不是让用户在 Excel 中手动完成所有操作。我希望 R 将给定 Excel 文件的所有工作表作为数据框放入列表中，并使用自定义函数对这些数据框中的每一个执行某些操作。 到目前为止，这是我的代码：

###Install required packages if necessary

if(!require("tidyverse")) install.packages("tidyverse")
if(!require("fs")) install.packages("fs")
if(!require("readxl")) install.packages("readxl")
if(!require("matrixStats")) iinstall.packages("matrixStats")

###Load required packages

library(tidyverse)
library(fs)
library(readxl)
library(matrixStats)

###Define functions

#Import all sheets into a list from an Excel file

read_excel_allsheets <- function(filename, tibble = FALSE) {
  sheets <- readxl::excel_sheets(filename)
  x <- lapply(sheets, function(X) readxl::read_excel(filename, sheet = X))
  if(!tibble) x <- lapply(x, as.data.frame)
  names(x) <- sheets
  x
}

#Subtract "Background" column from corresponding measurement column 

correct_background <- function(df) {
  cols <- grep('^\\d+$', names(df), value = TRUE)
  new_cols <- paste0(cols, '_corrected')
  df[new_cols] <- df[cols] - df[paste0('Background ', cols)]
  }

#Calculate means and standard deviations and drop "_corrected" columns

mean_SD <- function(df) {
  df$mean <- rowMeans(select(df, contains("_corrected")))
  df$SD <- rowSds(as.matrix(select(df, contains("_corrected"))))
  df <- subset(df, select = c("Wavelength", "mean", "SD"))
}

###Apply functions

#Load all Excel sheets of chosen file into a list of data frames

mysheets <- read_excel_allsheets(file.choose())

#Apply background correction on every data frame in the list

lapply(mysheets, correct_background)

#Apply function to calculate mean and SD

lapply(mysheets, mean_SD)

现在失败的地方是###Apply functions 部分。第一个函数，即加载 Excel 工作表的函数工作正常，但我认为我需要为第二个和第三个函数定义一个参数，告诉它们它们应该在列表中的任何数据框上工作，而不管其名称如何。是否有默认方法来引用 R 中列表中的每个数据框？还是我需要手动定义？ 非常感谢您的帮助！

Answer 1

您需要保存lapply 操作的结果。将您的 lapply 语句更改为以下内容。

#Apply background correction on every data frame in the list

mysheets <- lapply(mysheets, correct_background)

#Apply function to calculate mean and SD

mysheets <- lapply(mysheets, mean_SD)