在 bcftools 等命令行工具中使用 bash 变量答案

【问题标题】：Using bash variable in a command line tool such as bcftools在 bcftools 等命令行工具中使用 bash 变量
【发布时间】：2018-08-31 00:36:27
【问题描述】：

我有一个 bash 脚本，它接受参数，然后运行程序 bcftools：

$infile = $1
$outfile = $2
$pop1 = $3
$pop2 = $4

我想使用pop1和pop2作为参数，所以在下面的命令中，AFR_AF会被pop1替换，EUR_AF会被pop2替换：

bcftools view -i 'min(AFR_AF>0) & min(EUR_AF>0) & min(AFR_AF<1) & min(EUR_AF<1)' $infile > $outfile

但是，如果我使用与输入和输出文件相同的语法（例如$pop1，我会收到错误，因为 bcftools 无法识别该变量。如何使用命令行变量作为其他参数工具？

这是我的脚本：

#!/bin/bash

outFolder=$1
pop1=$2
pop2=$3
arr=($(seq 1 22 && echo X && echo Y))

for i in "${arr[@]}"; do
bcftools view -i 'min("$pop1">0) & min("$pop2">0) & min("$pop1"<1) & min("$pop2"<1)' chr"$i".vcf.gz |
bcftools query -f '%CHROM\t%POS\t%REF\t%ALT\t%AA[\t%GT]\n' | 
awk '{if(length($3)==1 && length($4)==1) print}' > $outFolder/"$i".txt; done

我使用以下命令执行它：

./EHHparser1.sh EHH/ AFR_AF EUR_AF

并为每个循环重复此错误：

Wrong operator in string comparison: min("$pop1">0) & min("$pop2">0) & min("$pop1"<1) & min("$pop2"<1) [(null),$pop1]

【问题讨论】：

添加一个shebang，然后将您的脚本粘贴到那里：shellcheck.net
请在此处提供有关您的脚本的更多详细信息，并粘贴您在运行脚本时遇到的确切错误。
嗨，我已经添加了我的脚本、运行它的命令和错误。谢谢。

标签： bash arguments parameter-passing bioinformatics

【解决方案1】：

我需要使用双引号而不是单引号，因为表达式不会在单引号中展开：

bcftools view -i "min($pop1>0) & min($pop2>0) & min($pop1<1) & min($pop2<1)" $infile > $outfile

【讨论】：

使用 ' ' 单引号打印变量的黑客方法是什么？ var1=value1; eval echo variable var1 has value: ${var1}; echo 'variable var1 has value: ${var1}'; eval echo 'variable var1 has value: ${var1}' 最后一个命令会。我知道 eval 的安全性并不好，而且我也知道问题在于不使用 " 双引号，但即使使用 ' 单引号，如果您使用 eval 也是可能的。同样，不建议这样做。