将变量脚本参数传递给另一个脚本，然后将 qsub 传递给程序

Question

阅读大量 bash 脚本线程和帮助站点后，我找不到可行的解决方案。

我想将变量参数“i”从一个脚本传递给另一个脚本 $i，然后将其 qsub 传递给一个程序“$1”。在程序中，我从参数向量 (**argv) 中读取变量，然后使用该变量将输出文件的名称修改为 *_0、*_1、*_2、...、*_n。

我的想法是，我可以为每个程序实例创建一个唯一的输出文件。该程序是并行的，但由于计算资源的限制，我需要为最多四个计算节点提交一个作业 - 否则它永远不会通过队列。所以，我想分拆 64 个 4 节点作业。

到目前为止，我已经阅读了以下主题：

• “-C 选项”Passing arguments to /bin/bash via a bash script
• “传递参数” http://linux.about.com/od/Bash_Scripting_Solutions/a/How-To-Pass-Arguments-To-A-Bash-Script.htm
• “以参数 $0 或 #1 开头” How can I pass a file argument to my bash script using a Terminal command in Linux?
• “传递参数” http://how-to.wikia.com/wiki/How_to_read_command_line_arguments_in_a_bash_script
• 我要问的问题完全相同，但答案并不适合我的情况Using a loop variable in a bash script to pass different command-line args

阅读这些后，我对这个概念感到满意，但仍然令人困惑 -C 和 -S 命令究竟是如何使用的，或者它们是否被使用过；大多数示例不包括这些。

这是我的衍生脚本

#
#$ -cwd
#$ -S /bin/bash
#$ -pe fah 1
for((i=0; i < 2; i++)); do qsub test_S17_script.sh $i; done

侧面信息：what is qsub

这是我的脚本

#
#$ -M duser@acme_u.edu
#$ -m bae
#$ -cwd
#$ -S /bin/bash
#$ -pe fah 1

./daedalus_linux_1.3_64 1 "$1"

因此，衍生作品运行良好，并生成了文件。而且，脚本可以很好地传递常量./daedalus_linux_1.3_64 1 1，但传递变量不起作用。我不知道处方是否正确地将变量 i 传递给脚本。我不知道如何从脚本写入错误文件 - 或者如果这就是我想要检查变量是否通过的方式。计算没有用户界面，所以一旦它在队列中，我必须依赖错误文件输出。

提前感谢您的帮助。

Answer 1

考虑使用PBS Job Arrays。单个 pbs 脚本将提交多个作业，每个作业的环境变量 $PBS_ARRAY_INDEX 都有不同的值。

Answer 2

如果您希望将标准输出从您的规范传递到脚本， 你可以这样做：

./daedalus_linux_1.3_64 1 `<prescript>`

如果 prescript 在单独的行上打印来自 for 循环 (i=0, i=1) 的每次迭代的输出，您可能可以将 prescript 生成的输出通过管道传输到 xargs 命令。

在规定中，您可以更改输出格式以在一行中显示由 qsub 的每次迭代生成的所有输出，如下所示：

for((i=0; i < 2; i++)); do qsub test_S17_script.sh $i; done | xargs

或者您可以按如下方式使用 xargs：

./daedalus_linux_1.3_64 1 `<prescript> | xargs`

希望对您有所帮助。