在文件夹名称中复制空格时将文件夹名称附加到文件名[重复]

Question

我一直在使用循环将数据从外部组复制到我的工作目录，将文件夹名称附加到文件名的开头。 for 循环基于这个先前的问题。 Append part of folder name to all .gz within

自从我提出这个问题以来，外部小组简化了他们的文件夹结构，但现在在一些文件夹名称中添加了“(2)”（我无法影响小组命名他们文件的方式，这是一个巨大的公司）。空间打破了我的循环，我需要帮助修复它。

外部组的文件结构

  Samples/SampleName1/Files/SampleID1_uniqueNumber.gz
  Samples/SampleName2/Files/SampleID2_uniqueNumber.gz
  Samples/SampleName3/Files/SampleID3_uniqueNumber.gz
  Samples/SampleName3 (2)/Files/SampleID3_uniqueNumber.gz

我想要的目标文件夹中的内容（所有样本都移动到单个目标）

  SampleName1.SampleID1_uniqueNumber.gz
  SampleName2.SampleID2_uniqueNumber.gz
  SampleName3.SampleID3_uniqueNumber.gz
  SampleName3.SampleID3_uniqueNumber.gz

我当前的 for 循环可以正确复制除最后一个样本之外的所有内容。 uniqueNumber 应该足够唯一以防止 2 SampleName3 相互覆盖。

   for f in ../pathToData/Samples/*/Files/*.gz;
    do s=${f##../pathToData/Samples/}; 
    s=${s%%/*};
    cp $f "/destinationFolder/"$s"."${f##*Files/};
    done

如何转义空格，以便 cp 将“(2)”视为原始文件名的一部分，而不是将“(2)”视为目标文件夹？

Answer 1

与某些编程语言不同，bash 可以在引号内进行变量替换。要将变量作为单个参数传递，请将其括在引号中：

cp "$f" [...]

这也适用于命令的其余部分。可以改写为：

cp "$f" "/destinationFolder/$s.${f##*Files/}";

Answer 2

如果你想这样做你的方式：

for f in Samples/*/Files/*.gz; do
    s=${f##Samples/};
    s=${s%%/*};
    [[ $s =~ [[:space:]] ]] && continue
    echo cp "$f" "/destinationFolder/$s.${f##*Files/}"
done

（当echo命令看起来足够好时删除它）

但是你不需要任何循环，请看一下：

输入：

（你有一个欺骗文件：SampleName3.SampleID3_uniqueNumber.gz）

$ tree Samples/
Samples/
├── SampleName1
│   └── Files
│       └── SampleID1_uniqueNumber.gz
├── SampleName2
│   └── Files
│       └── SampleID2_uniqueNumber.gz
├── SampleName3
│   └── Files
│       └── SampleID3_uniqueNumber.gz
└── SampleName3 (2)
    └── Files
        └── SampleID3_uniqueNumber.gz

8 directories, 4 files

在bash4 shell 中使用 perl 的 rename 的代码：

$ shopt -s globstar # enable recursion with '**' require bash --version >= 4
$ rename -n 's|^[^/]+/([^/\s]+)/Files/(.*\.gz)|$1.$2|' Samples/**/*.gz

输出：

Samples/SampleName1/Files/SampleID1_uniqueNumber.gz -> SampleName1.SampleID1_uniqueNumber.gz
Samples/SampleName2/Files/SampleID2_uniqueNumber.gz -> SampleName2.SampleID2_uniqueNumber.gz
Samples/SampleName3/Files/SampleID3_uniqueNumber.gz -> SampleName3.SampleID3_uniqueNumber.gz

当输出看起来不错时移除-n开关。

还有其他同名的工具可能会也可能不会做到这一点，所以要小心。

如果您运行以下命令 (GNU)

$ file "$(readlink -f "$(type -p rename)")"

而您的结果包含Perl script, ASCII text executable 而不包含ELF，那么这似乎是正确的工具 =)

如果不是，则将其设为 Debian 和派生类 Ubuntu 的默认值（通常已经如此）：

$ sudo update-alternatives --set rename /path/to/rename

将/path/to/rename 替换为您的perl rename 可执行文件的路径。

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如果你没有这个命令，搜索你的包管理器来安装它或do it manually（没有deps...）

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_{^{这个工具最初是由 Perl 的父亲 Larry Wall 编写的。}}