修复 python / Bioinformatics 中的代码答案

【问题标题】：Fixing the code in python / Bioinformatics修复 python / Bioinformatics 中的代码
【发布时间】：2018-04-20 05:06:07
【问题描述】：

我正在尝试修复以下代码。

  from pylab import *
    protein = ''
    amino_acids = ['P', 'G', 'L', 'A']
    while ________:
        protein += choice(amino_acids)

    if len(protein) == 1000:
        print(protein)

我想要得到的结果是一个长度为 1000 的随机蛋白质，由四个给定的氨基酸（P、G、L 和 A）组成。怎么了？

【问题讨论】：

你希望这段代码做什么？它不适用于 ________ 作为您的 while 循环条件。

标签： python python-3.x for-loop while-loop bioinformatics

【解决方案1】：

一种可能的解决方案（除其他外，可能更 Pythonic）是

from pylab import *
protein = ''
amino_acids = ['P', 'G', 'L', 'A']
while len(protein) <= 1000:
    protein = protein + choice(amino_acids)

print(protein)

在这里，您创建一个空字符串protein。 while 循环开始并从 amino_acids 追加一个随机元素，直到字符串长度达到 1000。

单线是

proteins = ''.join([choice(amino_acids) for x in range(1000)])

这里，一个所谓的list comprehension 用于从amino_acids 生成1000 个选择。 1000 个元素存储为一个列表。应用 join 会将元素折叠为单个字符串。

请注意，'' 表示我们不需要氨基酸之间的分隔符。使用例如'-' 反而会导致类似

L-A-P-G-L-...

【讨论】：

感谢您的帮助 :) 如何使用 for 循环而不是 while 循环来运行此代码？
@berr 不客气。在了解与 while 的区别以及它们的共同点时，很容易应用 for 循环。您可以使用for 对变量进行计数，并在变量达到 1000 时结束。

【解决方案2】：

另一种方法是生成一个随机数列表，然后使用 for 循环遍历随机数列表并附加到蛋白质字符串上。

import random
rand_num=[]
protein=''
amino=['P', 'G', 'L', 'A']

for i in range(1000):
    x=ranom.randint(0,(len(amino)-1))
    rand_num.append(x)

for index in rand_num:
    protein+=amino[index]

【讨论】：

【解决方案3】：

为什么不这样？

import random

amino_acids = ['P', 'G', 'L', 'A']
N = 10  # should be 1000 in your case
protein = ''.join( aa for aa in random.choices(amino_acids, k=N) )

如上所述，蛋白质可以是“PLLGAPAPGA”。

【讨论】：