如何在循环中不使用do命令两次执行命令答案

【问题标题】：How to execute command without using the do command twice in the loop如何在循环中不使用do命令两次执行命令
【发布时间】：2022-01-21 22:11:07
【问题描述】：

这些是我的文件

KIMS2021-01_R1.fastq.gz  KIMS2021-05_R1.fastq.gz  SRR1734376_1.fastq.gz  SRR6006897_1.fastq.gz  SRR6006901_1.fastq.gz  SRR6006905_1.fastq.gz
KIMS2021-01_R2.fastq.gz  KIMS2021-05_R2.fastq.gz  SRR1734376_2.fastq.gz  SRR6006897_2.fastq.gz  SRR6006901_2.fastq.gz  SRR6006905_2.fastq.gz
KIMS2021-02_R1.fastq.gz  KIMS2021-06_R1.fastq.gz  SRR1734377_1.fastq.gz  SRR6006898_1.fastq.gz  SRR6006902_1.fastq.gz  SRR6006906_1.fastq.gz
KIMS2021-02_R2.fastq.gz  KIMS2021-06_R2.fastq.gz  SRR1734377_2.fastq.gz  SRR6006898_2.fastq.gz  SRR6006902_2.fastq.gz  SRR6006906_2.fastq.gz
KIMS2021-03_R1.fastq.gz  SRR1734374_1.fastq.gz    SRR6006895_1.fastq.gz  SRR6006899_1.fastq.gz  SRR6006903_1.fastq.gz
KIMS2021-03_R2.fastq.gz  SRR1734374_2.fastq.gz    SRR6006895_2.fastq.gz  SRR6006899_2.fastq.gz  SRR6006903_2.fastq.gz
KIMS2021-04_R1.fastq.gz  SRR1734375_1.fastq.gz    SRR6006896_1.fastq.gz  SRR6006900_1.fastq.gz  SRR6006904_1.fastq.gz
KIMS2021-04_R2.fastq.gz  SRR1734375_2.fastq.gz    SRR6006896_2.fastq.gz  SRR6006900_2.fastq.gz  SRR6006904_2.fastq.gz

为了获得每对的统一文件名，我从上一个问题中得到了这个答案这是这个

for i in $(echo *.fastq*.gz); do echo ${i%_*}; done | uniq

获得统一文件名后我想使用的最终命令

for i in $(ls *.fastq*.gz); do echo ${i%_*}; done | uniq; do STAR --runMode alignReads --outSAMtype BAM SortedByCoordinate --runThreadN 30 --genomeDir /run/media/punit/data3/Santosh_star_index --readFilesIn  <(gunzip -c ${i}_R1.fastq.gz ${i}_R2.fastq.gz ) --outFileNamePrefix ${i%};done

现在我明白我不能在一个循环中使用do 两次

如何在不使用do 两次的情况下将统一文件名传递给我的命令

【问题讨论】：

我看不出使用echo 的意义。它不仅会创建一个不必要的子进程，如果您的文件名带有嵌入的空格，它甚至会产生错误的结果。你为什么不简单地做一个for i in *.fastq*.gz
do STAR ... 没有意义。那里没有语法错误吗？
是的，这就是为什么问题..我必须使用文件名传递给对准器问题是由于不统一的文件名.如果它是像只有 SRR 这样的模式我很高兴去用命令
user1934428 在我之前的问题中，我得到了 echo 的建议，因为它比 ls 更安全
你不应该使用ls是正确的，但是用另一个废话代替一个废话也没有帮助。对于echo 和ls，您会遇到包含空格或换行符的文件名问题。所以不要这样做。

标签： loops shell for-loop

【解决方案1】：

我之前的问题是这样的

首先让我们修复它！不要这样做：

for i in $(anything); do

只要做：

for i in *.fastq*.gz; do

如何将统一文件名传递给我的命令

Shell 最重要的是与管道 | 一起使用。一个命令的输出是另一个命令的输入——就像在你的管道中一样，for 循环的输出是uniq 的输入。

读取 uniq 的输出。

for i in *.fastq*.gz; do echo "${i%_*}"; done |
   uniq |
   while IFS= read -r file; do stuff with "$file"; done

使用 shellcheck.net 检查您的脚本。见https://mywiki.wooledge.org/BashFAQ/001

作为一名生物学家，我确实很痛苦地挖掘脚本的基本细微差别，我的简单解决方案是，如果我将它们作为两组运行

当然！我经常在交互式脚本编写时这样做。

tmp=$( for i in *.fastq*.gz; do echo "${i%_*}"; done )
tmp=$( uniq <<<"$tmp" )   # or tmp=$( echo "$tmp" | uniq )
tmp=$( echo "$tmp" | while IFS= read -r file; do stuff with "$file"; done )
echo "$tmp"

记住qoutes "！ <<<"stuff" 的作用类似于<file - 将"stuff" 的内容输入到命令的输入中，与echo "$tmp" | 的作用相同。

【讨论】：

所以在这里你已经使用了两次它只有在与'while'一起使用时才有效，请原谅我的无知
嗯，是的，关键字do 必须以for 或while 开头，它必须是for ....; do 或while ....; do。每个管道元素都是一个单独的命令，for 和 while（以及 if 和 case 和 until 和组 (...) {...}）算作一个命令。 ( a=example; echo $a; ) | ( read var; echo "This is $var" )
@PesKchan ：只做词法分析，你可能是对的，但关键是涉及到两个循环，bash的设计者以他们无限的智慧做出了决定，每个循环（for 和 while）必须包含单词 do。您可能想搜索仅包含单个循环的解决方案，尽管我没有看到任何好处。
作为一名生物学家，我确实很痛苦地挖掘脚本的基本细微差别，我的简单解决方案是，如果我将它们作为两组运行..
if i run the them as two sets 更新