在bash中循环具有通用名称的文件对[重复]

【问题标题】：loop over pairs of files with common name in bash [duplicate]在bash中循环具有通用名称的文件对[重复]
【发布时间】：2019-06-17 03:45:29
【问题描述】：

我有一个包含 18 对同名文件的文件夹，除了一个有一个 R1 另一个有一个 R2 ，例如SM000907_S1_R1.fastq 和 SM000907_S1_R2.fastq。我想为所有这些对在循环中抛出一个命令。

我尝试了以下循环，但它不工作（它抛出错误“错误替换”）：

for sample in ${seq 1 18}; do
    merge-paired-reads.sh SM000907_S$sample_R1.fastq SM000907_S$sample_R2.fastq > output
done

【问题讨论】：

标签： bash

【解决方案1】：

您可以使用$(seq 1 18) 或{1..18}，但不能同时使用两者。

此外，您的命令行不起作用，因为您无意中使用了不同的变量名。用大括号将它们包围起来。

最后，作为一个好的做法，引用所有包含变量的字符串：

for sample in {1..18}; do
    merge-paired-reads.sh "SM000907_S${sample}_R1.fastq" "SM000907_S${sample}_R2.fastq" > output
done

【讨论】：