使用 bash 脚本在 R 中安装库的权限错误

【问题标题】：Permissions-error using bash-script to install a library in R使用 bash 脚本在 R 中安装库的权限错误
【发布时间】：2016-02-15 07:14:30
【问题描述】：

我在 Bash 脚本中运行名为 CNV-Seq 的软件，但我无权运行以下命令：

R CMD INSTALL cnv/

错误是

* installing to library '/share/apps/r/3.2.2/intel/lib64/R/library'
Error: ERROR: no permission to install to directory '/share/apps/r/3.2.2/intel/lib64/R/library'

如何在未经许可的情况下解决此问题。

【问题讨论】：

您可以安装到您有权访问的基于主目录的目录中。如何做到这一点取决于您是从源代码编译，还是您使用的包管理器。您还可以检查 sudoers 并查看是否有任何命令以 root 身份运行 - 您永远不知道可能存在后门。例如，一些商业软件安装在 sudoers 中有 tar，它允许对系统进行无限制的 root 访问。
.libPaths() 的输出是什么？

标签： r bash permissions file-permissions

【解决方案1】：

一种方法是创建执行 R 脚本的 bash 脚本。因此，R 脚本将包含：

install.packages("package_name")

另存为xyz.r

并且 bash 脚本将包含：

R -f path_to/xyz.r

另存为abc。

像这样运行 bash 脚本：

bash abc

【讨论】：

此类问题请使用 cmets。
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如果不指定本地文件夹可能会失败。作为它，它肯定会尝试在'/share/apps/r/3.2.2/intel/lib64/R/library'中安装包。