【发布时间】:2012-03-23 08:32:48
【问题描述】:
我在 Windows 7 上运行 cygwin。我正在使用信号处理工具并基本上执行对齐。我有大约 1200 个输入文件。每个文件的格式如下。
input_file_format = "AC_XXXXXX.abc"
第一步需要为所有输入文件建立某种索引,这是通过工具的build-index 命令完成的,现在每个文件都有 6 个与之关联的索引。因此,现在我有大约 1200*6 = 7200 个索引文件。索引的格式如下。
indexes_format = "AC_XXXXXX.abc.1",
"AC_XXXXXX.abc.2",
"AC_XXXXXX.abc.3",
"AC_XXXXXX.abc.4",
“AC_XXXXXX.abc.rev.1”,
"AC_XXXXXX.abc.rev.1"
现在,我需要使用这些索引来执行对齐。每个文件的6个索引全部一起调用,最后的操作如下。
signal-processing-tool ..\path-to-indexes\AC_XXXXXX.abc ..\Query file
其中 AC_XXXXXX.abc 是与该特定索引文件关联的索引。所有 6 个索引文件都使用 **AC_XXXXXX.abc* 调用。
我的问题是我只需要使用索引文件名的前 14 个字符进行最终操作。
当我使用下面的代码时,没有执行对齐。
for file in indexes/*; do ./tool $file|cut -b1-14 Project/query_file; done
非常感谢您的帮助!
【问题讨论】:
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假设您的示例行中未执行的
./tool是信号处理工具,看起来您正在通过cut <etc>管道运行该工具的输出 - 您没有切割文件名。 -
没错,我不是在编辑文件名,而是在编辑输出。我该如何解决这个问题?
标签: string unix cygwin filenames