是否可以清理 mysql innodb 存储引擎，使其不存储已删除表中的数据？
或者我每次都必须重建一个新的数据库？
【问题讨论】：
InnoDB 引擎不存储已删除的数据。当您插入和删除行时，InnoDB 存储文件中会分配未使用的空间。随着时间的推移，整体空间不会减少，但随着时间的推移，“删除和释放”的空间将被数据库服务器自动重用。
您可以通过手动重组表来进一步调整和管理引擎使用的空间。为此，请使用 mysqldump 转储受影响表中的数据，删除表，重新启动 mysql 服务，然后从转储文件重新创建表。
【讨论】：
这是关于 InnoDB 的更完整的答案。这是一个漫长的过程，但值得付出努力。
请记住，/var/lib/mysql/ibdata1 是 InnoDB 基础架构中最繁忙的文件。它通常包含六种类型的信息：
Pictorial Representation of ibdata1
许多人创建多个 ibdata 文件希望获得更好的磁盘空间管理和性能，但这种想法是错误的。
OPTIMIZE TABLE 吗？不幸的是，对存储在共享表空间文件 ibdata1 中的 InnoDB 表运行 OPTIMIZE TABLE 会做两件事：
ibdata1 内连续
ibdata1 增长，因为连续的数据和索引页面被附加到ibdata1
但是，您可以将表数据和表索引从 ibdata1 中分离出来并独立管理它们。
innodb_file_per_table 运行OPTIMIZE TABLE 吗？假设您要将innodb_file_per_table 添加到/etc/my.cnf (my.ini)。然后你可以在所有 InnoDB 表上运行OPTIMIZE TABLE 吗？
好消息：当您在启用innodb_file_per_table 的情况下运行OPTIMIZE TABLE 时，将为该表生成一个.ibd 文件。例如，如果您的表 mydb.mytable 的数据目录为 /var/lib/mysql，它将生成以下内容：
/var/lib/mysql/mydb/mytable.frm/var/lib/mysql/mydb/mytable.ibd.ibd 将包含该表的数据页和索引页。太好了。
坏消息：您所做的只是从ibdata 中提取mydb.mytable 的数据页和索引页。每个表的数据字典条目，包括mydb.mytable，仍保留在数据字典中（请参阅Pictorial Representation of ibdata1）。 此时您不能简单地删除 ibdata1 !!! 请注意，ibdata1 根本没有缩小。
要一劳永逸地缩小ibdata1，您必须执行以下操作：
将所有数据库转储（例如，使用mysqldump）到.sql 文本文件（下面使用SQLData.sql）
删除所有数据库（mysql 和 information_schema 除外）CAVEAT：作为预防措施，请运行此脚本以确保您已获得所有用户授权：
mkdir /var/lib/mysql_grants
cp /var/lib/mysql/mysql/* /var/lib/mysql_grants/.
chown -R mysql:mysql /var/lib/mysql_grants
登录 mysql 并运行 SET GLOBAL innodb_fast_shutdown = 0;（这将完全清除来自 ib_logfile0 和 ib_logfile1 的所有剩余事务更改）
关闭 MySQL
将以下行添加到 /etc/my.cnf（或 Windows 上的 my.ini）
[mysqld]
innodb_file_per_table
innodb_flush_method=O_DIRECT
innodb_log_file_size=1G
innodb_buffer_pool_size=4G
（旁注：无论您为innodb_buffer_pool_size 设置什么，确保innodb_log_file_size 是innodb_buffer_pool_size 的25%。
另外：innodb_flush_method=O_DIRECT 在 Windows 上不可用）
删除ibdata*和ib_logfile*，您可以选择删除/var/lib/mysql中的所有文件夹，/var/lib/mysql/mysql除外。
启动 MySQL（这将重新创建 ibdata1 [默认为 10MB] 和 ib_logfile0 和 ib_logfile1，每个 1G）。
导入SQLData.sql
现在，ibdata1 仍将增长，但仅包含表元数据，因为每个 InnoDB 表都将存在于 ibdata1 之外。 ibdata1 将不再包含其他表的 InnoDB 数据和索引。
例如，假设您有一个名为 mydb.mytable 的 InnoDB 表。如果您查看/var/lib/mysql/mydb，您将看到代表该表的两个文件：
mytable.frm（存储引擎标头）mytable.ibd（表数据和索引）使用/etc/my.cnf 中的innodb_file_per_table 选项，您可以运行OPTIMIZE TABLE mydb.mytable，文件/var/lib/mysql/mydb/mytable.ibd 将实际缩小。
在我作为 MySQL DBA 的职业生涯中，我已经多次这样做了。事实上，我第一次这样做时，我将 50GB ibdata1 文件缩小到只有 500MB！
试一试。如果您对此还有其他问题，请提出。相信我;这将在短期和长期有效。
在第 6 步，如果由于 mysql 架构开始删除而导致 mysql 无法重新启动，请回顾第 2 步。您制作了 mysql 架构的物理副本。您可以按如下方式恢复它：
mkdir /var/lib/mysql/mysql
cp /var/lib/mysql_grants/* /var/lib/mysql/mysql
chown -R mysql:mysql /var/lib/mysql/mysql
返回第 6 步并继续
关于在第 5 步中将 innodb_log_file_size 设置为 innodb_buffer_pool_size 的 25%，这是一个相当老套的规则。
回到July 03, 2006，Percona 有一篇很好的文章why to choose a proper innodb_log_file_size。后来，在Nov 21, 2008，Percona 又在how to calculate the proper size based on peak workload keeping one hour's worth of changes 上跟进了另一篇文章。
我已经在 DBA StackExchange 上写过关于计算日志大小以及我在哪里引用了那两篇 Percona 文章的帖子。
Aug 27, 2012 : Proper tuning for 30GB InnoDB table on server with 48GB RAM
Jan 17, 2013：MySQL 5.5 - Innodb - innodb_log_file_size higher than 4GB combined?
就个人而言，我仍然会使用 25% 的规则进行初始设置。然后，随着生产时间的推移，可以更准确地确定工作负载，you could resize the logs 在维护周期内只需几分钟。
【讨论】：
innodb_open_tables。默认值为 300。
我按照本指南进行完全重置（以 root 身份）：
mysqldump --all-databases --single-transaction | gzip -c > /tmp/mysql.all.sql.gz
service mysql stop
mv /var/lib/mysql /var/lib/mysql.old; mkdir -m700 /var/lib/mysql; chown mysql:mysql /var/lib/mysql
mysql_install_db # mysql 5.5
mysqld --initialize-insecure # mysql 5.7
service mysql start
zcat /tmp/mysql.all.sql.gz | mysql
service mysql restart
【讨论】：