如何从表示环肽的字符串中生成亚肽（特殊组合）？答案

【问题标题】：How to generate subpeptides (special combinations) from a string representing a cyclic peptide?如何从表示环肽的字符串中生成亚肽（特殊组合）？
【发布时间】：2013-11-12 04:29:18
【问题描述】：

这是我的问题：我有一个代表环状肽的序列，我正在尝试创建一个生成所有可能的亚肽的函数。当 2 个氨基酸之间的键断裂时，就会产生一个亚肽。例如：对于肽“ABCD”，其亚肽将是“A”、“B”、“C”、“D”、“AB”、“BC”、“CD”、“DA”、“ABC”、 'BCD'、'CDA'、DAB'。因此，来自长度为 n 的肽的可能亚肽的数量将始终为 n*(n-1)。请注意，并非所有这些都是肽段（'DA'、'CDA'...）的子字符串。

我编写了一个生成组合的代码。但是，有一些过量的元素，例如未连接的氨基酸（'AC'，'BD'......）。有没有人暗示我如何消除这些，因为每次调用函数时肽的长度可能不同？到目前为止，这是我所拥有的：

def Subpeptides(peptide): 
    subpeptides = []
    from itertools import combinations
    for n in range(1, len(peptide)):
        subpeptides.extend(
    [''.join(comb) for comb in combinations(peptide, n)]
    )
    return subpeptides

以下是肽“ABCD”的结果：

['A', 'B', 'C', 'D', 'AB', 'AC', 'AD', 'BC', 'BD', 'CD', 'ABC', 'ABD', 'ACD', 'BCD']

氨基酸的顺序并不重要，如果它们代表肽的真实序列。例如，“ABD”是“DAB”的有效形式，因为 D 和 A 在环肽中具有键。

我正在使用 Python。

【问题讨论】：

'DAB' 和 'ABD' 不会被认为是同一个肽吗？
它们被认为是相同的，因为断裂的键仍然是 C-D 和 C-B。顺序是不一样的，但因为我和他们的群众一起工作，所以这并不重要。不过观察力不错。

标签： python string substring combinations itertools

【解决方案1】：

将它们全部生成可能更容易：

def subpeptides(peptide):
    l = len(peptide)
    looped = peptide + peptide
    for start in range(0, l):
        for length in range(1, l):
            print(looped[start:start+length])

给出：

>>> subpeptides("ABCD")
A
AB
ABC
B
BC
BCD
C
CD
CDA
D
DA
DAB

（如果你想要一个列表而不是打印，只需将 print(...) 更改为 yield ... 并且你有一个生成器）。

以上所有内容都是列举第一个键可能断裂的不同位置，然后如果下一个键在一个、两个或三个（在这种情况下）酸后断裂，你会得到不同的产品。 looped 只是一种避免“循环”逻辑的简单方法。

【讨论】：

looped 变量加 1。
非常感谢！如此简单、优雅的解决方案！
@ViníciusRodovalho 没问题。如果您点击投票按钮旁边的“打勾”（我的答案的左上角），这将被标记为正确并且您的问题已关闭（这将给我积分并鼓励人们将来回答您的问题）。

【解决方案2】：

错过了最后一个学期你可以使用下面的代码

def subpeptides(peptide):
    l = len(peptide)
    ls=[]
    looped = peptide + peptide
    for start in range(0, l):
        for length in range(1, l):
            ls.append( (looped[start:start+length]))
    ls.append(peptide)
    return ls

【讨论】：

【解决方案3】：

你可以用这个

>>>aa='ABCD'
>>> F=[]
>>> B=[]
>>> for j in range(1,len(aa)+1,1):
for i in range(0,len(aa),1):
    A=str.split(((aa*j)[i:i+j]))
    B=B+A
    C=(B[0:len(aa)*len(aa)-len(aa)+1])

它给你：

C=['A', 'B', 'C', 'D', 'AB', 'BC', 'CD', 'DA', 'ABC', 'BCD', 'CDA', 'DAB'、'ABCD']

我希望这会有所帮助，顺便说一句，我也在做 coursera 课程，如果有兴趣加入部队，请告诉我

【讨论】：