如何仅提取相关原子并保存 pdb 文件（不在本地）？

Question

我有一个原子列表。 rep_atoms = [CA, CB, CD3]（碳原子）。 我只想从任何给定的 PDB 文件中保存这些。我不想在本地保存它；我希望它保存在内存中（大量迭代）。 我已经到了下面的代码，但是它将文件保存在本地并且非常慢。 所以，我的目标是来自 PDB 中的每个原子，如果它存在于 rep_atoms 中。使 new_pdb 仅存储该信息，以便稍后在我的代码中调用它时，它应该是一个 PDB 文件，而不会保存在我的计算机中的本地文件夹中。

如何附加每个原子？打印所有原子非常快。我想附加它，但它不会是 PDB 结构文件。我该怎么办？

class rep_atom_Select(Select):
    def accept_atom(self, atom):
        if atom.get_name() in rep_atoms:
            return 1
        else:
            return 0

def rep_atoms_pdb(input_pdb):
    io = PDBIO()
    io.set_structure(input_pdb)
    for model in input_pdb:
        for chain in model:
            for residue in chain:
                for atom in residue:
                    if atom.get_name() in rep_atoms:
                        print(atom)
#                        dnr_only = io.save("dnr_only.pdb", rep_atom_Select())

Answer 1

在循环后保存一次，而不是在循环内保存数千次。

def rep_atoms_pdb(input_pdb):
    my_atoms = list()
    for model in input_pdb:
        for chain in model:
            for residue in chain:
                for atom in residue:
                    if atom.get_name() in rep_atoms: # or if rep_atom_Select().accept_atom(atom):
                        my_atoms.append(atom) # or something like this
    # The function returns the list of extracted atoms
    return my_atoms

您对rep_atom_Select() 的定义似乎与此设计不直接兼容，我也不确定将原子作为列表接收是否真的是您想要的，但这至少应该让您朝着正确的方向轻推。

简要阅读Bio.PDB.PDBIO 文档表明您可能只想返回实际的 PDBIO 对象。我认为是这样的：

class rep_atom_Select(Select):
    def accept_atom(self, atom):
        if atom.get_name() in rep_atoms:
            return 1
        else:
            return 0

def rep_atoms_pdb(input_pdb):
    io = rep_atom_Select()
    io.set_structure(input_pdb)
    return io

这是基于对文档的粗略阅读，但至少演示了如何使用覆盖的类来仅选择 input_pdb 结构中的一些原子。