使用 matplotlib Polycollection 绘制 csv 文件中的数据答案

【问题标题】：Using matplotlib Polycollection to plot data from csv files使用 matplotlib Polycollection 绘制 csv 文件中的数据
【发布时间】：2015-01-31 18:39:51
【问题描述】：

我一直在尝试使用 PolyCollection 制作一个与此非常相似的图表： http://matplotlib.org/examples/mplot3d/polys3d_demo.html

不同之处在于，我希望我的代码从文件夹中读取所有 CSV 文件并在其中绘制数据（不是随机数）。每个 CSV 文件都包含一个光谱，即两列和一定数量的行。我希望第一行是我的 x 值，第二行是相应的 z 值。

我试过了：

import os
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.collections import PolyCollection

fig=plt.figure()
ax = fig.gca(projection='3d')

input_path = 'input'         
spectrumfiles = []
verts=[]

for root, dirs, files in os.walk(input_path):    
    for name in files:
        if os.path.splitext(name)[1] == '.CSV' or os.path.splitext(name)[1] == '.csv':
            spectrumfiles.append(os.path.join(root,name)) 

zs = np.arange(len(files))                            

for name in spectrumfiles:
    spectrum = np.loadtxt(name, delimiter=',')
    #xs = spectrum[:,0]                   #I tried this first but then realised that "spectrum
    #ys = spectrum[:,1]                   #already has the needed shape               
    #verts.append(list(zip(xs,ys)))

    verts.append(spectrum)



poly = PolyCollection(verts, facecolors=np.ones(len(verts)))      #I'm not too bothered with
poly.set_alpha(0.7)                                               #colours at the moment
ax.add_collection3d(poly, zs=zs, zdir='y')

plt.show()

现在，我得到的图表是空的。

编辑：这里有4个样本FILES

编辑2：这里有一些关于stackoverflow的相关问题的链接。 - Matplotlib plot pulse propagation in 3d - Waterfall plot python?

【问题讨论】：

看看这个stackoverflow.com/questions/4622057/…我一无所知
这里似乎有几个关于 PolyCollection 的问题。但我也无能为力。我将它们添加到我原来的问题中。
verts的形状是什么？此外，您的数据中是否有任何 NaN 或其他不良数据？那样会搞砸的。
shape(verts) 返回 (4L, 3449L, 2L)，所以这是 4 个光谱，每个光谱有 3499 行和 2 列。那里没有 NaN，使用 matplotlib.pyplot.plot 单独绘制每个光谱就可以了。
当我拿走你的代码并用随机数（例如spectrum = np.random.rand(100,2)）替换文件读取时，它工作正常。我会看看你的阅读效果。

标签： python csv matplotlib

【解决方案1】：

好的，很容易解决 - 您唯一的问题是，由于您自己将 PolyCollection 添加到坐标区，它不会自动将 x/y/z 限制缩放到适当的值（仍显示在 0 和 1 之间）。对于您拥有的数据，如果添加以下行：

ax.set_xlim(0,5000)
ax.set_ylim(0,len(spectrumfiles))

然后你的数据就会神奇地出现。

【讨论】：