从文件调用的坐标的距离计算（Python2.7）答案

【问题标题】：Distance calculation for coordinates called from a file(Python2.7)从文件调用的坐标的距离计算（Python2.7）
【发布时间】：2014-03-13 10:14:43
【问题描述】：

我正在尝试从文件中读取坐标并查找文件中每两个原子之间的距离。我想在一列中有计算的距离，在另一列中有相应的原子名称。

1 Br1 0 Br x,y,z 1.195 7.005 10.004
2 Br2 0 Br x,y,z 1.432 5.040 6.816
3 Br3 0 Br x,y,z -0.407 8.433 6.863
4 Br4 0 Br x,y,z 3.344 8.375 7.107
5 Fe1 0 Fe x,y,z 1.412 7.214 7.682
6 Br5 0 Br x,y,z 2.813 12.506 12.949
7 Br6 0 Br x,y,z 4.778 14.123 10.091
8 Br7 0 Br x,y,z 6.563 12.765 13.175
9 Br8 0 Br x,y,z 4.387 15.965 13.344

例如：

Br1-Br2 1.5

我遇到两个问题：

1-我不知道如何命令程序计算每两对原子之间的欧式距离，我使用 split() 从其他数据中分割坐标，但我仍然不知道如何计算距离。我找到了一些关于 same problem 的信息，但答案对我不起作用，因为它们适用于 perl。

atom_positions= open('Atoms.txt','r')
revised_atom_positions = open('Atoms_atoms.txt','w')
aline = atom_positions.readline()#for getting rid of the first line data which is general info

for aline in atom_positions:
     Values = aline.split()
     dataline = values[1]+' , '+ values[5] + ' , ' + values[6] +' , '+values[7]
     revised_atom_positions.write(dataline + '\n')


atom_positions.close()
revised_atom_positions.close()

当我尝试将其更改为数组并使用 pdist 时出现错误：

TypeError: 'builtin_function_or_method' object has no attribute '__getitem__'

2- 我可以将我的新数据以新顺序存储在另一个文件中，但我不知道如何调用它们进行距离计算！有一些关于 pdist 的指导方针，但它对我也不起作用。

有没有办法解决这个问题？

【问题讨论】：

标签： python arrays scipy type-conversion euclidean-distance

【解决方案1】：

你可以使用索引：

atom_positions= open('Atoms.txt','r')
revised_atom_positions = open('Atoms_atoms.txt','w')

lines = atom_positions.readlines()

for i in range(0, len(lines)):
    line = lines[i]
    values = line.split()
    dataline = values[1]+' , '+ values[5] + ' , ' + values[6] +' , '+values[7]
    # You can access to next line with lines[i + 1]
    revised_atom_positions.write(dataline + '\n')


atom_positions.close()
revised_atom_positions.close()

【讨论】：