Perfplot bench() 引发“TypeError：输入类型和输入类型不支持 ufunc 'isfinite'”

Question

我正在使用perpflot 库来测试DatetimeIndex 对搜索pandas 数据框的影响。

我已经定义了一个设置函数来创建 2 个数据帧。一个带有日期时间索引，另一个带有时间作为列。我还定义了 2 个函数，它们分别在索引和列中使用 .loc 并返回子数据。但是，它向我显示了typeError。

TypeError: ufunc 'isfinite' not supported for the input types, and the inputs could not be safely coerced to any supported types according to the casting rule ''safe''

代码：

import numpy as np
import pandas as pd
from datetime import datetime
import perfplot


def setup_code(n):
    timeline = pd.date_range(end=datetime.now(), freq='1s', periods=n)
    sensor_readings = np.random.randint(100, size=(n, 4))
    col_labels = ['Sensor1', 'Sensor2', 'Sensor3', 'Sensor4']
    data = pd.DataFrame(sensor_readings, columns=col_labels)
    data['time'] = timeline
    data['time'] = pd.to_datetime(data['time'])
    data2 = data.copy()
    data2 = data2.set_index('time')
    print(n)
    return [data, data2]


def f1(ldata):
    data = ldata[0]
    subdata = data.loc[(data['time'] >= '2019-06-21 08:00:00') & (data['time'] <= '2019-06-21 11:00:00')]
    return subdata


def f2(ldata):
    data = ldata[1]
    subdata = data.loc['2019-06-21 04:00:00':'2019-06-21 10:00:00']
    return subdata


out = perfplot.bench(
    setup=setup_code,  
    kernels=[
        f1, f2
    ],
    n_range=[1000 ** k for k in range(1, 3)],
    labels=['Without Indexing', 'With Indexing'],
    xlabel='Length of DataFrame'
)
out.show()

追溯：

Traceback (most recent call last):                                                                                                | 0/2 [00:00<?, ?it/s]
  File ".\scratchpad.py", line 39, in <module>
    xlabel='Length of DataFrame'
  File "C:\Users\hpandya\AppData\Local\Continuum\anaconda3\lib\site-packages\perfplot\main.py", line 128, in bench
    reference, kernel(data)
  File "C:\Users\hpandya\AppData\Local\Continuum\anaconda3\lib\site-packages\numpy\core\numeric.py", line 2423, in allclose
    res = all(isclose(a, b, rtol=rtol, atol=atol, equal_nan=equal_nan))
  File "C:\Users\hpandya\AppData\Local\Continuum\anaconda3\lib\site-packages\numpy\core\numeric.py", line 2521, in isclose
    xfin = isfinite(x)
TypeError: ufunc 'isfinite' not supported for the input types, and the inputs could not be safely coerced to any supported types according to the casting rule ''safe''

奇怪的是，它在我定义xlabel 的行上显示错误。我觉得我在这里遗漏了一些微不足道的东西。

Answer 1

bench() 和 show() 方法默认比较内核输出以确保所有方法产生相同的输出（为了正确性）。检查是使用 numpy 函数完成的，这些函数可能不适用于所有情况或所有内核输出。

您想要做的是指定一个equality_check 参数，它允许比较输出的方式具有一定的灵活性。这在比较诸如字符串或字典的迭代之类的东西时特别有用，numpy 不能很好地处理这些东西。

如果您确信您的函数是正确的，则将 equality_check 设置为 None，或者传递一些实现您自己的检查逻辑的可调用对象。

out = perfplot.bench(
    ...
    equality_check=lambda x, y: x.equals(y)  # equality_check=None
)

请参阅this answer（滚动到底部）了解更多关于如何使用equality_check 对不同功能进行计时的示例。