【问题标题】:Xarray merge separate day and hour dimensions into one time dimension in pythonXarray在python中将单独的日期和小时维度合并为一个时间维度
【发布时间】:2021-07-24 06:46:55
【问题描述】:

我有一个 xarray 数据集:

如您所见,维度是(纬度、经度、步长(小时)、时间(天))。我想将小时和天合并为一个,以便尺寸改为(纬度,经度,时间步长)。我该怎么做?

【问题讨论】:

  • 如果您可以提供一些代码来生成与实际数据具有相同坐标和维度的小型示例数据集,而不仅仅是屏幕截图,这将很有帮助。

标签: python python-xarray dimensions


【解决方案1】:

创建一维时间维度和坐标

您可以使用stack 方法创建时间和步长维度的多索引。由于您的 valid_time 坐标已经具有正确的 datetimedimension,因此您还可以删除多索引坐标并仅将 valid_time 坐标与实际日期时间保持一致。

import numpy as np
import xarray as xr
import pandas as pd

# Create a dummy representation of your data
ds = xr.Dataset(
    data_vars={"a": (("x", "y", "time", "step"), np.random.rand(5, 5, 3, 24))},
    coords={
        "time": pd.date_range(start="1999-12-31", periods=3, freq="d"),
        "step": pd.timedelta_range(start="1h", freq="h", periods=24),
    },
)
ds = ds.assign_coords(valid_time=ds.time + ds.step)

# Stack the time and step dims
stacked_ds = ds.stack(datetime=("time", "step"))

# Drop the multiindex if you want to keep only the valid_time coord which
# contains the combined date and time information.
# Rename vars and dims to your liking.
stacked_ds = (
    stacked_ds.drop_vars("datetime")
    .rename_dims({"datetime": "time"})
    .rename_vars({"valid_time": "time"})
)
print(stacked_ds)
<xarray.Dataset>
Dimensions:  (time: 72, x: 5, y: 5)
Coordinates:
  * time     (time) datetime64[ns] 1999-12-31T01:00:00 ... 2000-01-03
Dimensions without coordinates: x, y
Data variables:
    a        (x, y, time) float64 0.1961 0.3733 0.2227 ... 0.4929 0.7459 0.4106

使时间坐标成为索引

这样,我们创建了一个以连续日期时间序列为坐标的单一时间维度。然而,它不是和index。对于某些方法,例如resample,时间需要是一个索引。我们可以通过显式设置索引来解决这个问题:

stacked_ds.set_index(time="time")

但是,这将使“时间”成为变量而不是坐标。为了让它再次成为一个坐标,我们可以使用

stacked_ds.set_index(time="time").set_coords("time")

使用数据数组

您也可以在 Dataarrays 上使用维度堆叠。但是,它们没有 rename_dimsrename_vars 方法。相反,您可以使用swap_dimsrename

(
    ds.a.stack(datetime=("time", "step"))
    .drop_vars("datetime")
    .swap_dims({"datetime": "time"})
    .rename({"valid_time": "time"})
).set_index(time="time")

【讨论】:

  • 谢谢!这似乎可行 - 我必须将我的 xr 数据数组转换为 xr 数据集才能让它工作!我只是不确定它是否在做我想做的事。当我尝试将此输出重新采样为每月时,我得到一个 KeyError:'time'。当尝试stacked_ds.resample(time="1M").mean()
  • 这很有趣。据我了解,问题在于time需要成为索引,但目前不是。我们可以通过使用stacked_ds.set_index(time="time") 显式设置索引来解决这个问题。然后重新采样应该起作用。出于某种原因,将时间设置为索引会使其成为变量而不是坐标,但我们可以通过使用 set_coords("time") 来解决这个问题。
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