使用字典转换字母

Question

我正在尝试编写一个程序，将匹配字典中键的字母转换为与该键关联的值，例如如果字典是 {'A':'T', 'C':'G', 'T':'A', 'G':'C'} 并且字符串是 'AAG' 输出应该是 'TTC '。

编辑：感谢您的一些回答，这就是我现在得到的：

def matching_codons(complements, poolA):
  answer = []
  codon = ''
  counter = 0

  for i in poolA:
    for a in i:
      codon+= complements[a]
      counter += 1
      if counter == 3:
        answer.append(codon)

不幸的是，这只翻译了前 3 个字母 - 我怎样才能让它继续循环运行？

注意：poolA 是一个字符串列表，例如['AAG'、'TAC'、'CGG'、'GAT'、'TTG'、'GTG'、'CAT'、'GGC'、'ATT'、'TCT']

注意 2：我不能硬编码转换表之类的东西，因为从技术上讲字典输入可以更改

Answer 1

另一种解决方案是使用maketrans from string

from string import maketrans
complementTrans = maketrans("ACTG", "TGAC")

poolA =  ['AAG', 'TAC', 'CGG', 'GAT', 'TTG', 'GTG', 'CAT', 'GGC', 'ATT', 'TCT']
[codon.translate(complementTrans) for codon in poolA]

你得到：

['TTC'、'ATG'、'GCC'、'CTA'、'AAC'、'CAC'、'GTA'、'CCG'、'TAA'、'AGA']

奖金

例如，最好使用biopython library

poolA =  ['AAG', 'TAC', 'CGG', 'GAT', 'TTG', 'GTG', 'CAT', 'GGC', 'ATT', 'TCT']

from Bio.Seq import Seq
from Bio.Alphabet import IUPAC

[str(Seq(seq, IUPAC.unambiguous_dna).complement()) for seq in poolA]

你得到相同的结果

奖金 2

修复你的代码，我删除了不必要的变量counter

poolA =  ['AAG', 'TAC', 'CGG', 'GAT', 'TTG', 'GTG', 'CAT', 'GGC', 'ATT', 'TCT']
complements = {'A':'T', 'C':'G', 'T':'A', 'G':'C'} 

def matching_codons(complements, poolA):
    answer = []
    for i in poolA:
        codon = ''     # inside of for, codon reset in each iteration
        for a in i:
            codon+= complements[a]
        answer.append(codon)  # outside of secondary for, codon have three leters to end iterations
    return answer

matching_codons(complements, poolA)

Answer 2

定义你的字典：

>>> d = {'A':'T', 'C':'G', 'T':'A', 'G':'C'} 

现在，使用该字典，AAG 可以翻译如下：

>>> ''.join(d[c] for c in 'AAG')
'TTC'

Answer 3

所以，在这里举个例子：

d = {'A':'T', 'C':'G', 'T':'A', 'G':'C'}

x = "AAG"

要让你的结果输出“TTC”，你可以这样做：

s = ""
for i in x:
    s += d.get(i)

一个衬里：

y = "".join([d.get(i) for i in x])

Answer 4

假设： 补充是字典 {'A':'T', 'C':'G', 'T':'A', 'G':'C'}

到目前为止，您已经有了一个非常好的游戏计划，只是缺少一些想法：
1)lements.values() 将为您提供字典中所有值的视图（请参阅this）。相反，您想查找您所在角色的特定值。由于您已经使用“if a inlements:”检查了该键是否在字典中，因此您可以使用“compliments[a]”进行查找。
2) 一旦你构建了一个互补的密码子，你可以将它添加到你的答案列表中并清除你正在构建的密码子。

您应该注意到这里发布了更清晰的答案，但我想尽可能多地保留您的代码。请阅读此处的其他答案，并尝试了解实现目标的更好方法。

如果您还有其他问题，请随时提问！

Answer 5

考虑制作一个翻译表：

>>> from string import maketrans
>>> transtab = maketrans("ACTG", "TGAC")
>>> [s.translate(transtab) for s in ['AAG', 'TAC', 'CGG', 'GAT', 'TTG', 'GTG', 'CAT', 'GGC', 'ATT', 'TCT']]
['TTC', 'ATG', 'GCC', 'CTA', 'AAC', 'CAC', 'GTA', 'CCG', 'TAA', 'AGA']

Answer 6

使用功能：

def StringChange(str):
    dic = {'A':'T', 'C':'G', 'T':'A', 'G':'C'}
    output = []

    for i in str:
        output += dic[i]

    print("".join(output))

完成了。可以使用StringChange("AAG")，然后得到结果"TTC"