【问题标题】:Keras fit_generator() with generator that extends Sequence is returning more samples than total带有扩展序列的生成器的 Keras fit_generator() 返回的样本比总数多
【发布时间】:2019-11-13 08:22:13
【问题描述】:

我正在使用 Keras 训练神经网络。由于数据集的大小,我需要使用生成器和 fit_generator() 方法。我正在关注本教程:

https://stanford.edu/~shervine/blog/keras-how-to-generate-data-on-the-fly

但是,我准备了一个小示例来检查每个 epoch 输入网络的样本,似乎数量高于样本数量。

class DataGenerator(keras.utils.Sequence):
    'Generates data for Keras'
    def __init__(self, files, batch_size=2, dim=(160, 160), n_channels=3,
                 n_classes=2, shuffle=False):
        'Initialization'
        self.dim = dim
        self.files = files
        self.batch_size = batch_size
        self.n_channels = n_channels
        self.n_classes = n_classes
        self.shuffle = shuffle
        self.on_epoch_end()

    def __len__(self):
        'Denotes the number of batches per epoch'
        print ("Number of batches per epoch")
        print(int(np.floor(len(self.files) / self.batch_size)))
        return int(np.floor(len(self.files) / self.batch_size))

    def __getitem__(self, index):
        'Generate one batch of data'
        # Generate indexes of the batch
        indexes = self.indexes[index*self.batch_size:(index+1)*self.batch_size]

        # Find list of IDs
        files_temp = [self.files[k] for k in indexes]

        # Generate data
        X, y = self.__data_generation(files_temp)

        return X, y


    def on_epoch_end(self):
        'Updates indexes after each epoch'
        self.indexes = np.arange(len(self.files))
        if self.shuffle == True:
            np.random.shuffle(self.indexes)


    def __data_generation(self, files_temp):
        'Generates data containing batch_size samples' # X : (n_samples, *dim, n_channels)
        # Initialization
        X = np.empty((self.batch_size, *self.dim, self.n_channels))
        y = np.empty((self.batch_size), dtype=int)

        # Generate data
        for i, ID in enumerate(files_temp):
            # Store sample
            X[i,] = read_image(ID)

            # Store class
            y[i] = get_label(ID)

        return X, keras.utils.to_categorical(y, num_classes=self.n_classes)


...

params = {'dim': (160, 160),
              'batch_size': 2,
              'n_classes': 2,
              'n_channels': 3,
              'shuffle': True}


gen_train = DataGenerator(files, **params)
 model.fit_generator(gen_train, steps_per_epoch=ceil(num_samples_train)/batch_size, validation_data=None,
        epochs = 1,  verbose=1,
    callbacks = [tensorboard])

read_image 和 get_label 是我获取数据的方法。这些方法包括正在加载的图像的 print(),我得到的比我预期的要多。例如:

num_samples = 10 batch_size = 2

每个时期的步数将等于 5,这就是 keras 进度条显示的内容,但我得到了更多图像(我知道这是因为方法内部的打印)。

我调试了一下,发现__getitem__函数被调用了5次以上!前五次的索引在 0 到 4 之间(如预期的那样),但随后我会得到一个重复的索引并加载更多数据。

知道为什么会这样吗?我已经调试到 keras 中的 data_utils.py,但找不到将索引传递给 __getitem__ 的确切位置。 getitem 中的所有内容似乎都运行良好。

【问题讨论】:

    标签: python tensorflow machine-learning keras conv-neural-network


    【解决方案1】:

    这是正常的,对于steps_per_epoch = 5,您的__getitem__ 将在每个时期被调用 5 次。因此,当然,拥有多个 epoch 意味着它将被调用更多次而不是 5 次。

    还请注意,其中涉及并行性,Keras 会自动在另一个线程/进程中运行您的Sequence(取决于配置),因此它们可能会被超出预期的顺序调用。这也是正常的。

    【讨论】:

    • 谢谢。抱歉,我忘了补充说我正在尝试一个时代......我知道剪断的代码说得更多,所以我会编辑。随着时代的增加,我得到的总是超过 number_of_epochs*data_size。调试时,我可以看到它何时结束 epoch 函数,所以我也知道每个 epoch 调用的次数比预期的要多。
    • @Panda 在这种情况下(如果为真),这将是 Keras 中的一个错误。
    • 我会更倾向于我的代码中的错误。或者是否有可能以某种方式调用 getitem 函数(出于并行性原因)但数据从未传递到网络?
    • @Panda 不,我不这么认为,也许 Keras 只是过度工作,而您只使用一个 epoch 就遇到了边缘情况(并不常见)。
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