【问题标题】:Seaborn Heatmap without lines between cellsSeaborn 热图,单元格之间没有线条
【发布时间】:2019-05-12 19:38:06
【问题描述】:

我正在尝试使用带有透明颜色图的 seaborn 创建热图,因为图像应该显示在背景中。到目前为止,热图创建工作正常,但是即使热图的线宽设置为 0.0,单元格之间的某些线条仍然可见。

创建热图的代码如下所示:

ax = sns.heatmap(image, cmap="rocket_r", linewidths=0.0)
ax.collections[0].set_alpha(0.5)

image 是 64x64 numpy 数组。生成的热图如下所示: Heatmap(抱歉没有足够的声誉嵌入图片)

问题在于单元格之间的细线。奇怪的是,它们并不是在每个边缘。

有谁知道如何去掉这些线条?

非常感谢


更新 1(完整的工作示例):

image = np.array([[1, 1, 2, 2], [3, 3, 3, 3], [4, 5, 4, 5], [6, 6, 6, 6]])
ax = sns.heatmap(image, cmap="rocket_r", linewidths=0.0)
ax.collections[0].set_alpha(0.5)
plt.show()

结果是这个热图:

在这里您可以看到每列之间有细线,但第一行和第二行之间没有任何线。

【问题讨论】:

  • 能否用完整的代码创建一小组数据?
  • @ScottBoston 我刚刚添加了一个工作代表代码示例,您可以在其中看到一些行已创建,而另一些则没有。

标签: python seaborn heatmap


【解决方案1】:

线条是半透明块的重叠部分,无法在像素网格上完美对齐。

阿尔法混合

一种选择是不使用透明度,而是使用 alpha 混合创建不透明的颜色。

import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.colors import ListedColormap
import numpy as np
import seaborn as sns

def get_alpha_blend_cmap(cmap, alpha):
    cls = plt.get_cmap(cmap)(np.linspace(0,1,256))
    cls = (1-alpha) + alpha*cls
    return ListedColormap(cls)

image = np.array([[1, 1, 2, 2], [3, 3, 3, 3], [4, 5, 4, 5], [6, 6, 6, 6]])
ax = sns.heatmap(image, cmap=get_alpha_blend_cmap("rocket_r", 0.5), linewidths=0.0)

plt.show()

这样做的一个明显优势是颜色条与热图具有相同的颜色。

增加 dpi

如果以上不是选项,您可以在保存时增加 dpi。

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
import seaborn as sns

image = np.array([[1, 1, 2, 2], [3, 3, 3, 3], [4, 5, 4, 5], [6, 6, 6, 6]])
ax = sns.heatmap(image, cmap="rocket_r", linewidths=0.0, edgecolor="none", alpha=0.5)
plt.savefig("test.png", dpi=1000)

当然,这对屏幕上显示的图形没有任何影响。

imshow

最后,考虑不要在这里使用 seaborn,而是使用 matplotlib imshow 绘图。

import matplotlib.pyplot as plt
import seaborn as sns
plt.style.use("seaborn-dark")
plt.rcParams["axes.facecolor"] = "white"
import numpy as np

image = np.array([[1, 1, 2, 2], [3, 3, 3, 3], [4, 5, 4, 5], [6, 6, 6, 6]])
im = plt.imshow(image, cmap="rocket_r", alpha=0.5)
plt.colorbar(im)
plt.gca().set(xticks=(range(image.shape[1])),yticks=(range(image.shape[0])))
plt.show()

【讨论】:

  • 感谢您的解决方案。它会根据需要删除不需要的行。但是我遇到了下一个问题。如最初的问题所述,我试图在背景中显示图像(.png 在plt.imshow() 的帮助下)。因此,热图需要是透明的。然而,对于不透明的颜色,背景是不可见的。我已经通过将图像移动到前景并给它一个 alpha 值来“修复”这个问题。但是颜色图不再匹配真实的颜色。是否可以以相同的方式修改颜色条?或者有没有其他方法可以解决这个问题?
  • 我在答案中添加了另外两个选项。
  • 非常感谢。这两种解决方案对我来说都很好。但是我会坚持使用 seaborn(第二个解决方案),因为外观更干净一点。
  • “更清洁”是什么意思?在最后一个解决方案中,不干净边缘的整个问题都消失了?!
  • matplotlib 解决方案的问题是颜色图中的水平线。我现在设法删除它们。我的最终解决方案如下所示: 1. 使用第一个选项绘制热图并根据混合颜色添加颜色图 2. 清除图 3 的轴。使用选项 3 绘制热图但不创建热图遵循此过程会产生我想要的确切输出。
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