在 python 中读取 *.mhd/*.raw 格式答案

【问题标题】：Reading *.mhd/*.raw format in python在 python 中读取 *.mhd/*.raw 格式
【发布时间】：2016-09-14 09:50:26
【问题描述】：

谁能告诉我如何在 python 中读取包含 .mhd/.raw 文件的数据集？

【问题讨论】：

标签： python numpy matplotlib image-processing computer-vision

【解决方案1】：

最简单的方法是使用SimpleITK（MedPy 也将 ITK 用于 .mhd/.raw 文件）。命令

pip install SimpleITK

适用于许多 python 版本。要阅读 .mhd/.raw，您可以使用此代码 from kaggle

import SimpleITK as sitk
import numpy as np
'''
This funciton reads a '.mhd' file using SimpleITK and return the image array, origin and spacing of the image.
'''

def load_itk(filename):
    # Reads the image using SimpleITK
    itkimage = sitk.ReadImage(filename)

    # Convert the image to a  numpy array first and then shuffle the dimensions to get axis in the order z,y,x
    ct_scan = sitk.GetArrayFromImage(itkimage)

    # Read the origin of the ct_scan, will be used to convert the coordinates from world to voxel and vice versa.
    origin = np.array(list(reversed(itkimage.GetOrigin())))

    # Read the spacing along each dimension
    spacing = np.array(list(reversed(itkimage.GetSpacing())))

    return ct_scan, origin, spacing

【讨论】：

顺便说一句，this 问题是一样的。有人可以合并它们吗？
否，但如果您认为它们是重复的，您可以标记为重复

【解决方案2】：

安装 SimpleITK 后使用 skimage 可能会更容易

import skimage.io as io
img = io.imread('file.mhd', plugin='simpleitk')

这将为您提供一个带有 z,y,x 排序的 numpy 数组。

【讨论】：

【解决方案3】：

在上述帖子的基础上，您可以从从here 下载的 CT-Scan .mhd 文件开始，并使用以下代码显示/保存 29 张图像（假设您在当前目录）：

import SimpleITK as sitk
import matplotlib.pylab as plt
ct_scans = sitk.GetArrayFromImage(sitk.ReadImage("training_001_ct.mhd", sitk.sitkFloat32))
plt.figure(figsize=(20,16))
plt.gray()
plt.subplots_adjust(0,0,1,1,0.01,0.01)
for i in range(ct_scans.shape[0]):
    plt.subplot(5,6,i+1), plt.imshow(ct_scans[i]), plt.axis('off')
    # use plt.savefig(...) here if you want to save the images as .jpg, e.g.,
plt.show()

这是使用SimpleITK 读取并动画化的相同 CT 扫描 .mhd 文件：

【讨论】：

【解决方案4】：

你可以尝试使用MedPy或者这个mhd_utils script

【讨论】：