如何在 R 中使用 igraph 重新连接加权网络？答案

【问题标题】：How do you rewire a weighted network using igraph in R?如何在 R 中使用 igraph 重新连接加权网络？
【发布时间】：2014-02-06 10:05:12
【问题描述】：

我曾尝试在 R 的 igraph 中使用“rewire”，但它仅适用于未加权网络。有什么帮助？？？

【问题讨论】：

尝试编辑以改进问题，但我的编辑被拒绝。看到 OP 下面的 cmets 说关键问题是重新布线时产生的 NA，即using the example above NA in the wiehgts are produced with set.seed(1) g <- graph.ring(10); E(g)$weight <- seq_len(ecount(g)); E(g)$weight; # [1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10; is.weighted(g); # [1] TRUE; g2 <- rewire(g,niter=3); E(g2)$weight; # [1] 1 2 4 5 6 7 9 NA NA NA is.weighted(g2); # [1] TRUE using igraph version [1] "0.7.1"
@user1320502 你的编辑被拒绝的原因是你没有把话放在OP的嘴里。问题不清楚，您应该要求 OP 改进它。你的猜测我不正确，所以我们应该把它留给 OP。真正唯一的例外是从 OP 中获取评论并将其添加到问题中。
@user1320502 此编辑是being discussed on Meta。
感谢@NathanOliver，但下面的 OP 声明“打印重新布线图的权重将打印带有一些 NA 条目的权重。我希望权重也将与边缘一起洗牌。但这不会发生.. .这是我感兴趣的。？？？”对 NA 编辑说得很清楚，并没有把话放在 OP 嘴里。不过谢谢，我会问一个新的单独问题。感谢 S.L Barth 的元链接

标签： r igraph

【解决方案1】：

我的igraph 版本很乐意重新连接加权图：

g <- graph.ring(10)
E(g)$weight <- seq_len(ecount(g))
E(g)$weight
# [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10
is.weighted(g)
# [1] TRUE
g2 <- rewire(g,niter=3)
plot(g2)
is.weighted(g2)
# [1] TRUE

版本是：

packageDescription("igraph")$Version
# [1] "0.6.6"

【讨论】：

这是真的。但我有一个 edglist 形式的图表。前两列是节点，第三列是分配给每条边的权重。现在，当我重新连接加权图（我使用 read.graph(file.txt) 制作的）时，这会重新连接图表，但我不知道它对权重做了什么。打印重新布线图的权重将打印带有一些 NA 条目的权重。我希望权重也将与边缘一起洗牌。但这并没有发生……这是我感兴趣的。???
给我们一些显示这一点的示例代码并编辑您的问题。

【解决方案2】：

使用 igraph 的 1.0.1 版本，尝试以下操作：

# SAME EXAMPLE AS IN PREVIOUS ANSWER AND COMMENTS 
g <- graph.ring(10)
E(g)$weight <- seq_len(ecount(g))
E(g)$weight
# [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10
is.weighted(g)
# [1] TRUE
g2 <- rewire(g, with=each_edge(0.5)) #rewire vertices with constant probability
E(g2)$weight <- sample(E(g)$weight) #shuffle initial weights and assign them randomly to edges
plot(g2)
is.weighted(g2)
# [1] TRUE
E(g2)$weight
# [1]  3  6  2  4 10  1  9  8  7  5

请注意，这种方法可能会导致多重边或循环。

【讨论】：