【问题标题】:Jupyter notebook kernel constantly needs to be restartedJupyter notebook 内核不断需要重启
【发布时间】:2021-07-19 21:02:31
【问题描述】:

我安装的 Jupyter Notebook 仅允许执行几个单元格,然后变得无响应。进入这种“无响应模式”后,任何单元的执行,即使是新写入的带有基本算术命令的单元,都不会明显执行或显示输出。重启内核是我能找到的唯一解决方案,这让开发变得非常缓慢。

我正在为 Jupyter 1、python 3.9 运行这些版本,并且我在 Windows 10 上。我已阅读 jupyter 文档,但找不到有关此问题的参考。同样,当 Jupyter 进入“无响应模式”时,也没有控制台输出。我已经解决了启动时控制台中显示的所有警告。

对于这样一个含糊的问题,我深表歉意。我的问题是我也不太确定出了什么问题。我正在用 pandas 做一些基本的数据分析:

%pylab
import pandas as pd
import glob
from scipy.signal import find_peaks

# Import data
dataFiles = glob.glob("Data/*.spe")
dataList = [pd.read_csv(f, names=[f]) for f in dataFiles]

# Join data into one DataFrame for ease
combinedData = pd.concat(dataList, axis=1, join="inner")

# Trim off arbitrary header and footers for each data run
lowerJunkRow = 12
upperJunkRow = 16395
combinedData = combinedData.truncate(before=lowerJunkRow, after=upperJunkRow)
combinedData.reset_index(drop=True, inplace=True)

# Cast dataFrame to integers
combinedData = combinedData.astype(int)

# Sum all counts by channel to aggregate data
combinedData["sum"] = combinedData.sum(axis=1)

编辑:我尝试在具有类似库的不同笔记本中工作,并且一切正常,直到我引用了一个我尚未定义的变量。然后内核表现出与上述相同的行为。我尝试将我的数据保存在一个组合的 csv 文件中,以避免上述代码生成大量内存,但没有骰子。我也在 Jupyter Lab 中遇到了同样的问题,这让我相信这是一个内核问题。

【问题讨论】:

  • 听起来你的内核仍然很忙,在运行笔记本冻结的单元后,你是否在右上角看到一个实心圆圈而不是一个空圆圈?还是单元格前面有[*]:?如果它不是内核的东西,你也可以在 Jupyter Lab 中尝试相同的笔记本(我看到你已经安装了它)而不是 Jupyter Notebook
  • @asdf101 当内核变得无响应时,右上角的圆圈为空,并且单元格前面的方括号之间没有 astrix。感谢 Jupyter Lab 的建议,我会试试看。

标签: python pandas jupyter-notebook


【解决方案1】:

在我看来,您正在处理大量数据。可能只是有很多处理要做 - 而“无响应”状态的原因是您的内核正在执行一个需要大量处理的单元。

如果您尝试连接多个 csv 文件,我建议至少将连接的数据帧保存为 csv。然后,您可以检查该文件是否存在(使用 os 模块),并读入此 csv,而不是再次连接所有内容。

【讨论】:

  • 我保存了合并的 DataFrame,现在有更多的内存,但没有响应无响应的问题。
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