Anaconda，通过 pip 安装 Python 包不起作用，Linux

Question

我在使用 pip 安装软件包时遇到问题。在我的环境中通过 conda 安装软件包时，它工作正常但是当尝试通过 pip 安装时，我继续收到 ImportError: No Module named X.

我尝试安装的软件包是一组不属于 conda 发行版的软件包。

例子

[sjamal@login1(franklin) src]$ source activate Py343

(Py343) [sjamal@login1(franklin) src]$ pip install pyvcf

Collecting pyvcf
Requirement already satisfied: setuptools in /users/sjamal/anaconda3/envs/Py343/lib/python3.4/site-packages/setuptools-27.2.0-py3.4.egg (from pyvcf)
Installing collected packages: pyvcf
Successfully installed pyvcf-0.6.8

(Py343) [sjamal@login1(franklin) src]$ python

Python 3.4.3 |Continuum Analytics, Inc.| (default, Oct 19 2015, 21:52:17) 
[GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-1)] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.

>>> import vcf
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
ImportError: No module named 'vcf'

在 ~/.bashrc 我添加了以下路径 /users/sjamal/anaconda3/bin 这显然允许我访问 anaconda、conda 等。

我最初认为我遇到了与下面提出的问题相同的问题。但要么我误解了答案，要么不是同一个问题。

Does anaconda create a separate PYTHONPATH variable for each new environment?

我很确定这是一个路径问题，但我不了解如何通过 pip 和 conda 将软件包安装到各自的环境中，这可能是我似乎无法解决它的原因。

附加信息：

我在无法执行任何 root 命令的集群上的登录节点上。我确信不需要 root 访问权限，但认为最好提一下。我的 linux 发行版是 CentOS release 6.6 (Final)。

感谢观看！

Answer 1

我设法弄明白了。在我的系统上做了一些搜索之后。我发现 pip 和 conda 将软件包安装到两个不同的位置。就我而言..

conda - Installed to my current anaconda environment just as expected
pip - /users/sjamal/gridware/share/python/2.7.8/lib/python3.6/site-packages/

我认为将 pip 安装到不同位置的原因是我们在 HPC 上预先设计了基础架构，因此在下面添加了以下前缀。

/users/sjamal/gridware/share 

为了使用我的包，有 3 种方法可以做到这一点。其中两个我可以做到。最后一个，但是我无法弄清楚，因为它需要我更改 pips 默认位置来安装软件包。我尝试使用

pip install -t <dir> 

虽然它不断抛出错误并且不允许我选择安装文件夹的目标。

另外两个选择是：

1. Install the packages using pip install <package> and then move the      packages to the original destination. 

2. Add the path to the environment where I want to have the packages installed to the local PATH variable in ~/.bashrc. However, this beats the fact of working in different environments as the package will be accessible from different environments.

如果有人知道如何重定向 pip 的默认安装目标，如果您与我分享，我将不胜感激。在那之前，我会继续寻找更好的选择。

最后感谢@amrit 的回复！

干杯！

Answer 2

先试试这个..

$python3

 >>> import sys

 >>> sys.path.append('/all/path/to/C/Python')

 >>> import vcf

如果不工作，那么......

安装 python 3.6.2 和 ... 写

import vcf 

而不是

import pyvcf