检索平面结果 - BigQuery 标准 SQL答案

【问题标题】：Retrieving a flat result - BigQuery Standard SQL检索平面结果 - BigQuery 标准 SQL
【发布时间】：2019-01-31 16:24:33
【问题描述】：

我在 bigQuery 中有以下标准 SQL 查询：

SELECT
    Chr,
    start_position,
    reference_bases,
    call.name,
    call.genotype,
    alternate_bases.alt,
    alternate_bases_CSQ_VT.*
FROM
    `mutable`,
    UNNEST(call) AS call,
    UNNEST(call.genotype) AS genotype,
    UNNEST(alternate_bases) AS alternate_bases,
    UNNEST(alternate_bases.CSQ_VT) AS alternate_bases_CSQ_VT
WHERE
    call.name = "sample name"
    AND CLIN_SIG = "pathogenic"
    AND genotype > 0
LIMIT
  100

返回的表是平面的，除了生成的基因型字段（返回的每行有两条记录）。我想返回一个平面表，其中每行的两个基因型值都转换为两个新列（等位基因 1 和等位基因 2），但我正在努力使用正确的方法。任何指针都会很棒

【问题讨论】：

我不了解您的数据结构或查询。您的查询有一个名为 name 的列，不在示例结果中。您有一个 where 子句可以过滤掉基因型 0，但它在结果中。

标签： sql google-bigquery flatten

【解决方案1】：

您的问题有点难以理解。通常，最好的方法是使用UNNEST() 的子查询。我不太清楚你的数据模型（查询和样本数据不一致）。但是，像这样：

SELECT . . . ,
       (SELECT MAX(call.name)
        FROM UNNEST(call) genotype
        WHERE call.genotype = 0
       ) as genotype_0,
       (SELECT MAX(call.name)
        FROM UNNEST(call) genotype
        WHERE call.genotype = 1
       ) as genotype_1
FROM `mutable`,
     UNNEST(alternate_bases) AS alternate_bases,
     UNNEST(alternate_bases.CSQ_VT) AS alternate_bases_CSQ_VT
WHERE call.name = 'sample name'
      CLIN_SIG = 'pathogenic'
LIMIT 100

【讨论】：

【解决方案2】：

我很欣赏这个答案，我也会尝试这个 - 很抱歉这个问题不太清楚。我确实想出了一个解决方案，虽然我不知道它是否有效。

SELECT
  Chr,
  start_position,
  reference_bases,
  call.name,
  call.genotype[OFFSET(0)] as all1,
  call.genotype[OFFSET(1)] as all2,
  alternate_bases.alt,
  alternate_bases_CSQ_VT.*
FROM
  `mutable`,
  UNNEST(call) AS call,
  UNNEST(call.genotype) AS genotype,
  UNNEST(alternate_bases) AS alternate_bases,
  UNNEST(alternate_bases.CSQ_VT) AS alternate_bases_CSQ_VT
WHERE
  call.name = "sample name"
  AND CLIN_SIG = "pathogenic"
  AND genotype > 0
LIMIT
  100

【讨论】：