R：获取文件列表但不获取目录答案

【问题标题】：R: get list of files but not of directoriesR：获取文件列表但不获取目录
【发布时间】：2014-03-30 21:59:52
【问题描述】：

在 R 中如何获取文件夹中的文件列表，而不是目录？

我尝试过使用 dir()、list.files()、list.dirs() 和不同的选项，但它们似乎都不起作用。

【问题讨论】：

【解决方案1】：

setdiff(list.files(), list.dirs(recursive = FALSE, full.names = FALSE))

会成功的。

【讨论】：

我认为这个更可取，请参阅我对答案的评论。这种方法对我来说也可能更准确。我有 206 个文件 + 目录，我数了一下，有 51 个是目录。这种方法产生了 155 个文件，应该是完全正确的。另一个有 140 个。也许额外的 15 个是系统文件或其他东西，我不确定，但这个有更容易理解和明确正确的结果。
如果您需要全名，这不起作用，因为 list.dirs 在路径中放置了 2 个斜杠。

【解决方案2】：

这是一种可能性：

all.files <- list.files(rec=F)
all.files[!file.info(all.files)$isdir]

另一种选择（带有扩展名的文件的模式，当然不是那么通用）：

Sys.glob("*.*")

【讨论】：

谢谢，我认为这是一些内置函数。我对 list.files 函数感到困惑，而不是最佳名称选择。
做得好！我已经搜索了一段时间，并没有在任何地方找到它，尽管它非常明显。谢谢
谢谢你。
这行得通，但在某些情况下可能不是最理想的。我在 OneDrive 上使用了一个链接到 Sharepoint 的目录，而 R 需要下载每个文件作为 file.info 的一部分。如果您有大文件，这可能需要很长时间。
这绝对是 R 令人愤怒的时刻。为什么include.dirs=FALSE 不排除目录？？？？

【解决方案3】：

base R 没有直接的方法来做到这一点的事实有点令人震惊。 BASH 没有直接的方式也有点奇怪。

在我看来，最好的 R 解决方案是简单地诉诸 shell：

filenames = system('ls -p | grep -v /', intern=T)

解释：

ls -p     Append "/" to end of directory names
grep -v   Exclude strings matching "/"
intern=T  store the output in the variable rather then printing to stdout

【讨论】：

【解决方案4】：

另一种选择：

Filter(function(x) file_test("-f", x), list.files())

如果您想充分利用库 functional 的功能，那么您可以节省一些按键操作：

Filter(Curry(file_test, "-f"), list.files())

后者将file_test 转换为第一个参数设置为“-f”的函数，这基本上是我们在第一种方法中所做的，但Curry 做得更干净，因为可悲的决定function 关键字这么长（为什么不f(x) {...}???）

【讨论】：

【解决方案5】：

所以，我知道这些都是旧的，并且有一个公认的答案，但我尝试了其中的大多数，但没有一个真正奏效。

这是我得到的：

文件夹中所有文件的示例：
```
files <- list.files("Training/Out/")
```

该代码的输出：

[1] "Filtered"           "Training_Chr01.txt" "Training_Chr02.txt" "Training_Chr03.txt"
[5] "Training_Chr04.txt" "Training_Chr05.txt" "Training_Chr06.txt" "Training_Chr07.txt"
[9] "Training_Chr08.txt" "Training_Chr09.txt" "Training_Chr10.txt"

第一个 [1] 是目录

运行此代码以仅获取文件：

files <- list.files("Training/Out",recursive = TRUE)

有了这个输出：

[1] "Training_Chr01.txt" "Training_Chr02.txt" "Training_Chr03.txt" "Training_Chr04.txt"
[5] "Training_Chr05.txt" "Training_Chr06.txt" "Training_Chr07.txt" "Training_Chr08.txt"
[9] "Training_Chr09.txt" "Training_Chr10.txt"

这或多或少是为了帮助那些看到这个并且和我一样困惑的人。

【讨论】：

如果您在“已过滤”中有文件，那么这些文件也会被列出。这可能是也可能不是你想要的。

【解决方案6】：

我写了一个小包装函数来解决这个问题：

list_files <- function(path = ".", pattern = NULL, all.files = FALSE, full.names = TRUE, 
                       recursive = FALSE, ignore.case = FALSE, include.dirs = FALSE, no.. = FALSE, 
                       incl_dirs = FALSE){
  
  #Set incl_dirs = TRUE to revert to default list.files() behavior.

  if(path == ".") { path = getwd() }
  
  #Include directories if recursive is set.
  if(incl_dirs & recursive) { include.dirs = TRUE }
  
  #Needs to have full.names = TRUE in order to get full path to pass to dir.exists().
  files <- list.files(path = path, pattern = pattern, all.files = all.files, full.names = TRUE, 
                      recursive = recursive, ignore.case = ignore.case, include.dirs = include.dirs, 
                      no.. = no..)
  
  if(!incl_dirs){
    files <- files[!dir.exists(files)]
  }
  
  if(!full.names){
    return(basename(files))
  } else{
    return(files)
  }
  
}

使用以下示例目录结构：

dir_test_lvl0/
├── dir_test_lvl1
│   ├── dir_test_lvl2
│   │   ├── dir_test_lvl3
│   │   │   ├── dir_test_lvl4
│   │   │   └── file_test_lvl4
│   │   └── file_test_lvl3
│   └── file_test_lvl2
└── file_test_lvl1

输出看起来像这样，取决于是否设置了incl_dirs 和recursive。

#No directories presented.
#Recursive.
list_files("dir_test_lvl0", incl_dirs = FALSE, recursive = TRUE, full.names = FALSE)
# [1] "file_test_lvl4" "file_test_lvl3" "file_test_lvl2" "file_test_lvl1"

#No directories presented.
#Non-Recursive.
list_files("dir_test_lvl0", incl_dirs = FALSE, recursive = FALSE, full.names = FALSE)
# [1] "file_test_lvl1"


#With directories presented (default list.files() behavior).
#Non-recursive.
list_files("dir_test_lvl0", incl_dirs = TRUE, recursive = FALSE, full.names = FALSE)
# [1] "dir_test_lvl1"  "file_test_lvl1"


#With directories presented (default list.files() behavior).
#Recursive.
list_files("dir_test_lvl0", incl_dirs = TRUE, recursive = TRUE, full.names = FALSE)
# [1] "dir_test_lvl1"  "dir_test_lvl2"  "dir_test_lvl3"  "dir_test_lvl4"  "file_test_lvl4"
# [6] "file_test_lvl3" "file_test_lvl2" "file_test_lvl1"

所有其他list.files() 选项都由list_files() 忠实地传递给它。该函数没有外部依赖项（仅限base R）。

【讨论】：

【解决方案7】：

如果您愿意尝试非基础 R 包，请尝试 fs package

只获取目录中的文件

fs::dir_ls("dir_path", type = "file")

【讨论】：

【解决方案8】：

这是另一种使用正则表达式排除没有“。”的列表的解决方案

list.files("dir_path",pattern="\\.")

【讨论】：