R2WinBUGS - 如何再次将 WinBUGS 计算结果重新加载到错误对象答案

【问题标题】：R2WinBUGS - how to reload the WinBUGS computation results to bugs object againR2WinBUGS - 如何再次将 WinBUGS 计算结果重新加载到错误对象
【发布时间】：2011-11-11 13:00:46
【问题描述】：

我使用 R 中的 R2WinBUGS 包在 WinBUGS（百万次迭代）中运行了一个 looong 计算：

bugs.object <- bugs(...)

但是 R 崩溃了。 如何在不再次运行 winbugs 的情况下再次将 bugs.object 重新加载到 R 中？我试过这个（我有 3 个链）：

out <- read.bugs(paste("coda", 1:3, ".txt", sep = ""))

但out 数据结构与错误对象完全不同（因为它是不可用的）。我尝试用as.bugs.array转换它：

bugs.object <- as.bugs.array(out, model.file = "ttest.txt", n.iter = 1000000, n.burnin = 300000, n.thin = 2, program = "WinBUGS")

但它不起作用。请帮忙。谢谢。

【问题讨论】：

交叉发布：stats.stackexchange.com/questions/15262/…
首先查看str(out)、class(out)（您可以发布结果，尽管str(out) 可能会提供大量输出）。正如?read.bugs 所指定的，您应该得到一个mcmc.list 类的对象，然后可以使用coda 函数对其进行分析...？

标签： r winbugs r2winbugs winbugs14

【解决方案1】：

您可能正在阅读一条错误消息，其中 R 内存不足，无法创建 bugs.array 对象。

您可以通过在bugs 函数中设置codaPkg=T 语句来解决这个问题。这会将 CODA 文件保存在您指定的工作目录中，而不是创建 R2WinBUGS 对象（在 R 崩溃之前）。然后你可以使用 coda 包中的read.mcmc 读回 coda 文件，如果你真的想要，将mcmc 对象转换为bugs.array。

如果您的 MCMC 太大或您没有足够的内存用于 R，这可能不起作用。

【讨论】：