将矩阵列表转换为 R 中的一个大矩阵

Question

我有一个矩阵列表，这些矩阵是使用 R 的“network”包中的 egoextract 函数从更大的网络中提取的。我需要将具有不同行数/列数的所有（正方形）矩阵合并到一个更大的矩阵中，该矩阵包含先前那些的所有信息以及缺少信息的地方的“NA”（没关系）。

我尝试了 cbindX 函数，但它只沿列维度而不是沿行，因此乘积是一个矩形矩阵。

这是我目前所做的

require(network)
require(statnet)
require(gdata)

samplenet <- as.network.numeric(100, directed = TRUE, density =  0.03)
plot(samplenet)
set.vertex.attribute(samplenet, "name", 1:100) 
names <- get.vertex.attribute(samplenet, "name")
rv1 <- sample(names,1) #selects a random vertex
rv2 <- get.neighborhood(samplenet, rv1, type = c("combined"), na.omit = TRUE) #selects the neighborhood around selected vertex
rv <- unique(unlist(merge(rv1, rv2))) #combines vertex + neighborhood into one list without duplicates
extraction <- unique(ego.extract(samplenet, ego = rv, neighborhood = c("combined")))
df <- data.frame(extraction) -- error due to different number of rows/columns

另类（导致矩形矩阵，不够用）

df <- cbindX(extraction[[1]], extraction[[2]], extraction[[3]])

感谢很棒的 R 社区！！！

Answer 1

试试这个：

allnames <- unique(unlist(sapply(extraction, colnames)))
df <- do.call(rbind, lapply(extraction, function(mat) {
  df <- data.frame(mat); colnames(df) <- colnames(mat)
  df[setdiff(allnames, colnames(df))] <- NA; df
}))

head(df)
# 66 3 9 27 31 49 86 87 26 89 16 18 24 41 53 65 73 79 88 30 48 71 78 19 23 43 20 85 100 17 25 38 40 72  2 29 50 57
# 66  0 1 1  0  0  1  1  1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
# 3   0 0 0  0  1  0  0  0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
# 9   0 1 0  0  0  0  0  0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
# 27  1 0 0  0  0  0  0  0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
# 31  1 0 0  0  0  0  0  0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
# 49  0 0 0  1  0  0  0  0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA

如果你想按列名排序：

head(df[, order(as.integer(colnames(df)))])
 #  2 3 9 16 17 18 19 20 23 24 25 26 27 29 30 31 38 40 41 43 48 49 50 53 57 65 66 71 72 73 78 79 85 86 87 88 89 100
 #  66 NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA  0 NA NA  0 NA NA NA NA NA  1 NA NA NA NA  0 NA NA NA NA NA NA  1  1 NA NA  NA
 #  3  NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA  0 NA NA  1 NA NA NA NA NA  0 NA NA NA NA  0 NA NA NA NA NA NA  0  0 NA NA  NA
 #  9  NA 1 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA  0 NA NA  0 NA NA NA NA NA  0 NA NA NA NA  0 NA NA NA NA NA NA  0  0 NA NA  NA
 #  27 NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA  0 NA NA  0 NA NA NA NA NA  0 NA NA NA NA  1 NA NA NA NA NA NA  0  0 NA NA  NA
 #  31 NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA  0 NA NA  0 NA NA NA NA NA  0 NA NA NA NA  1 NA NA NA NA NA NA  0  0 NA NA  NA
 #  49 NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA  1 NA NA  0 NA NA NA NA NA  0 NA NA NA NA  0 NA NA NA NA NA NA  0  0 NA NA  NA