os.system 看不到我路径中的程序答案

【问题标题】：os.system does not look the programs that are in my pathos.system 看不到我路径中的程序
【发布时间】：2017-02-06 13:47:57
【问题描述】：

在 python 脚本中调用程序时遇到问题。给我带来问题的程序是我在计算机上手动安装然后将它们添加到 .bashrc 文件的路径中的程序。使用 'sudo apt-get install some_program' 安装的程序不会给我任何问题

按以下方式添加到我的 .bashrc 文件中的程序：

#path to fastqc 
export PATH=$PATH:/home/bioinfor3/bin/FastQC/
#path to fastx-toolkits
export PATH=$PATH:/home/bioinfor3/bin/fastx/

在我的 PyCharm 中，我使用 os 模块以下列方式调用这些程序：

os.system('fastqc seq.fastq')

我得到了这个错误

sh: 1: fastqc: not found

我猜它与 sh 路径或其他东西有关，但我无法使其工作

编辑：

如果 Pycharm 从终端启动，它会使用我的个人路径继承 bashrc 文件并且它可以工作

【问题讨论】：

很可能，PyCharm 不是您的交互式 shell 的祖先。通常，您应该从登录 shell 的配置文件中修改您的环境（.profile 或 .bash_profile，视情况而定）。

【解决方案1】：

这可能是因为您修改了登录环境以调整 PATH，但运行 PyCharm 的 shell 看不到这个更新的路径，或者 PyCharm 似乎以某种方式使其无效。

你应该首先验证

os.system('/home/bioinfor3/bin/FastQC/fastqc seq.fastq')

按照您的预期运行（没有理由不应该，但值得检查）。

从this answer 看来，默认情况下 PyCharm 不使用bash 作为其外壳，而是使用tcsh。因此，它看不到您在 bash 上强制执行的设置。

【讨论】：