LAMP 环境变量 ($PATH) 的问题

Question

我正在尝试在 bash 脚本 'test.sh' 中执行这个 shell 命令

igblastn -query input.txt 2>&1

在这样的 php 文件中

<?php
   $string = "./test.sh";
   $output = shell_exec($string);
   echo "<pre>$output</pre>;

我不断收到错误

./test.sh: line 2: igblastn: command not found

但是当我使用更基本的命令，如“日期”或“whoami”时，它的输出就很好了。这让我相信要么需要配置 apache web usr 'www-data' 的权限，要么我没有正确路径到 igblastn 可执行文件。如果我去测试将 www-data 设置为 Web 服务器的超级用户，我仍然会收到错误消息，所以我认为这不是权限问题，而是路径问题。 NCBI 独立爆炸的文档规定了 $PATH 变量的附件，并将另一个 env 变量引入到与可执行文件位于同一文件夹中的数据库文件中。目前，我已将路径位置添加到存储可执行文件的 bin 中，作为我的 Web 服务器上 /etc/environment 中 PATH 变量的补充，并添加了另一个环境变量，我还尝试将另一个环境变量添加到/etc/apache2/envvars 但我仍然无法执行。因此，我想知道是否有人明确知道我应该在哪里创建额外的环境变量或为 Apache 指定路径？

Answer 1

感谢任何给我建议的人。我决定从我的 test.sh 脚本运行 'env' 并查看所有变量。由此我能够破译确实在 /etc/apache2/envvars 中设置所有变量是正确的方法，并且我在 PATH 变量中添加了一个附件，这是我的问题开始。

Answer 2

您的$PATH 无关紧要，因为领先的"./" 告诉您的操作系统在当前目录中查找该脚本。如果您确实已将该路径添加到$PATH，则可以删除"./"，否则，假设test.sh 与调用它的PHP 脚本位于同一目录中，您可以这样做

$string = dirname(realpath(__FILE__))."/test.sh";
$output = shell_exec($string);