应该如何为 R 实现“is.error()”来识别和解析错误？

Question

我正在尝试测试对象是否是错误的结果。该用例主要是通过产生错误的foreach() 循环产生的（尽管对于测试，将simpleError() 分配给变量似乎就足够了），我对如何识别何时发生感到困惑：我如何测试给定的对象实际上是一个错误？一旦我确定这是一个错误，除了一条消息，我还能提取什么？也许我遗漏了 R 的错误处理工具，因为似乎有必要编写一个错误对象测试函数de novo。

这里有两个示例，一个使用foreach，将.errorhandling 参数设置为pass。我已经开始将其用作大规模或无人值守处理的默认设置，以防数据切片出现异常。这种异常很少见，不值得让整个 for 循环崩溃（特别是如果异常发生在最后，这似乎是我的 murphysListSortingAlgorithm() 的默认行为；-)）。相反，事后检测是需要的。

library(foreach)
library(doMC)
registerDoMC(2)
results = foreach(ix = 1:10, .errorhandling = "pass") %dopar%{
    if(ix == 6){
        stop("Perfect")
    } 
    if(ix == 7){
        stop("LuckyPrime")
    } else {
        return(ix)
    }
}

为简单起见，这是一个非常简单的错误（根据定义）：

a = simpleError("SNAFU")

虽然似乎没有像is.error() 这样的命令，而像typeof() 和mode() 这样的命令似乎毫无意义，但我发现最好的方法是使用class() 或attributes()，这给出指示错误的属性。如何以保证确定我有错误并完全处理该错误的方式使用这些？例如a$message 返回SNAFU，但a$call 是NULL。我是否应该期望能够从例如res[[6]]$call 中提取任何有用的信息？

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注意 1：如果没有多核功能来重现第一个示例，我应该指出 results[[6]] 与 simpleError("Perfect") 不同：

> b = simpleError("Perfect")
> identical(results[[6]], b)
[1] FALSE
> results[[6]]
<simpleError in eval(expr, envir, enclos): Perfect>
> b
<simpleError: Perfect>

这说明了为什么我不能（非常天真地）测试列表元素是否是香草simpleError。

注意 2。我知道 try 和 tryCatch，并在某些情况下使用它们。但是，我不完全确定如何使用它们对foreach 循环的输出进行后处理。例如，第一个示例中的 results 对象：在我看来，使用 tryCatch 包装器处理其元素没有意义。对于操作的 RHS，即foreach() 循环，我也不确定tryCatch 是否会按照我的意愿行事。我可以使用它来捕获错误，但我想我需要获取消息并在此时插入处理。我看到两个问题：每个循环都需要用tryCatch() 包装，否定.errorhandling 参数的一部分，并且我仍然无法稍后处理results 对象。如果这是进行此处理的唯一方法，那么它就是解决方案，但这意味着无法以与许多其他 R 对象（例如矩阵、向量、数据帧等）类似的方式识别和处理错误。

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更新 1。我在 foreach 循环中添加了一个额外的停止触发器，以提供两个不同的消息来识别和解析，以防万一这有帮助。

更新 2。我选择 Richie Cotton 的答案。这似乎是对我应该寻找的最完整的解释，尽管完整的实现需要其他几位代码（以及最新版本的 R）。最重要的是，他指出我们需要牢记两种类型的错误，这对于彻底彻底尤为重要。也可以看看别人的cmet和答案，以充分开发自己的is.error()测试功能；在查找结果列表中的错误时，我给出的答案可能是一个有用的开始，Richie 的代码是测试函数的一个很好的起点。

Answer 1

来自 ?simpleError:

条件是继承自抽象类条件的对象。 错误和警告是从抽象继承的对象 子类错误和警告。类 simpleError 是使用的类 通过停止和所有内部错误信号。同样，simpleWarning 是 被警告使用，simpleMessage 被消息使用。这 同名的构造函数采用描述条件的字符串 作为参数和可选调用。函数 conditionMessage 和 conditionCall 是返回消息并调用的通用函数 条件。

所以class(a) 返回：

[1] "simpleError" "error"       "condition"  

那么一个简单的函数：

is.condition <- function(x) {
  require(taRifx)
  last(class(x))=="condition"
}

正如@flodel 所说，用inherits(x,"condition") 替换函数体更加健壮。

Answer 2

使用@flodel 关于inherits() 的建议，得到@gsk3 提到的抽象类继承，这是我目前的解决方案：

is.error.element <- function(x){
    testError   <- inherits(x, "error")
    if(testError == TRUE){
        testSimple  <- inherits(x, "simpleError")
        errMsg      <- x$message
    } else {
        testSimple  <- FALSE
        errMsg      <- NA
    }
    return(data.frame(testError, testSimple, errMsg, stringsAsFactors = FALSE))
}

is.error <- function(testObject){
    quickTest <- is.error.element(testObject)
    if(quickTest$testError == TRUE){
        return(quickTest)
    } else {
        return(lapply(testObject, is.error.element))
    }
}

这是通过ldply 为results 列表制作的漂亮结果：

> ldply(is.error(results))
   testError testSimple     errMsg
1      FALSE      FALSE       <NA>
2      FALSE      FALSE       <NA>
3      FALSE      FALSE       <NA>
4      FALSE      FALSE       <NA>
5      FALSE      FALSE       <NA>
6       TRUE       TRUE    Perfect
7       TRUE       TRUE LuckyPrime
8      FALSE      FALSE       <NA>
9      FALSE      FALSE       <NA>
10     FALSE      FALSE       <NA>

> is.error(a)
  testError testSimple errMsg
1      TRUE       TRUE  SNAFU

这对我来说仍然很粗糙，尤其是因为我没有提取有意义的call 值，并且外部函数isError() 在其他结构上可能效果不佳。我怀疑这可以通过sapply 或*apply 或*ply (plyr) 家族的其他成员来改善。

Answer 3

您可能会在野外看到的仅有两种类型的错误是simpleErrors，就像您在这里一样，try-errors 是在对try 的调用中包装一些异常抛出代码的结果.有人可以创建自己的错误类，尽管这些错误类很少见，应该基于这两个类之一。事实上（自 R2.14.0 起）try-errors 包含一个simpleError：

e <- try(stop("throwing a try-error"))
attr(e, "condition")

检测simpleError 很简单。

is_simple_error <- function(x) inherits(x, "simpleError")

try catch 错误的等价物是

is_try_error <- function(x) inherits(x, "try-error")

因此，在这里，您可以通过将其应用于您的结果列表来检查结果是否存在问题。

the_fails <- sapply(results, is_simple_error)

同样，返回消息和调用是单行的。为方便起见，我已将调用转换为字符串，但您可能不希望这样。

get_simple_error_message <- function(e) e$message
get_simple_error_call <- function(e) deparse(e$call)

sapply(results[the_fails], get_simple_error_message)
sapply(results[the_fails], get_simple_error_call)

Answer 4

我按照这个问题的描述使用 try 和 catch： How do I save warnings and errors as output from a function?

这个想法是循环中的每个项目都返回一个包含三个元素的列表：返回值、任何警告和任何错误。结果是一个列表列表，然后可以查询这些列表，不仅可以找出循环中每个项目的值，还可以找出循环中的哪些项目有警告或错误。

在这个例子中，我会做这样的事情：

library(foreach)
library(doMC)
registerDoMC(2)
results = foreach(ix = 1:10, .errorhandling = "pass") %dopar%{
  catchToList({
    if(ix == 6){
        stop("Perfect")
    } 
    if(ix == 7){
        stop("LuckyPrime")
    } else {
        ix
    }
  })
}

然后我会像这样处理结果

> ok <- sapply(results, function(x) is.null(x$error))
> which(!ok)
[1] 6 7
> sapply(results[!ok], function(x) x$error)
[1] "Perfect"    "LuckyPrime"
> sapply(results[ok], function(x) x$value)
[1]  1  2  3  4  5  8  9 10

将catchToList 的结果提供一个类并重载一些访问函数以使上述语法更容易，这将是相当简单的，但我还没有发现真正的需要。