【发布时间】：2015-09-18 23:42:24
【问题描述】：
我正在 Linux 中运行一个程序，该程序正在生成一个输出，我想将它传送到另一个程序中。但是，我只想管道符合我的标准的行。显然，这可以通过两步来实现。但是，由于我说的是数百万行，因此一步实现它的效率更高。
输出流的格式（如果您熟悉下一代测序，它是 sam 文件格式）是制表符分隔的文本，由两种类型的行组成。以“@”字符开头的字符。例如：
@HD VN:1.0
@SQ SN:ENST00000601705.1 LN:42
@SQ SN:ENST00000602818.1 LN:1099
还有一个没有，看起来像这些示例行：
SRR603690.1629913 99 ENST00000440588.2 327 255 76M = 390 139 GCAGATCCTGGACCAGGTTGAGCTGCGCGCAGGCTACCCTCCAGCCATACCCCACAACCTCTCCTGCCTCATGAAC CCCFFFFFHGHHGJIHIHIHIJJJIIF1DGHGIIJIGGHIII@GIIDHIGHHHDFB?ACEDA?(5;@BCCCCCCA NH:i:20
SRR603690.1629913 99 ENST00000464365.2 2 255 76M = 65 139 GCAGATCCTGGACCAGGTTGAGCTGCGCGCAGGCTACCCTCCAGCCATACCCCACAACCTCTCCTGCCTCATGAAC CCCFFFFFHGHHGJIHIHIHIJJJIIF1DGHGIIJIGGHIII@GIIDHIGHHHDFB?ACEDA?(5;@BCCCCCCA NH:i:20
我正在寻找的是一个命令，它只会管道所有第一种类型的行，但从第二种类型开始，只有最后一个字段是“NH:i:1”的行。
没有这个条件，我的管道命令看起来像这样：
> <program1> <program1_arguments> | <program2> <program2_arguments>
（具体来说，program1 是一个 RNA-seq 读取对齐器，program2 是 samtools。program1 的输出是一个文本 sam 文件，我将其通过管道传输到 samtools 以将其转换为 bam 格式。因此，此命令如下所示：
> <aligner> reads.fastq | samtools view -bS - > out.bam
)
所以我想在其中添加我的条件。
这（有效地）可能吗？
【问题讨论】：